В том же 1709 г. началась первая перестройка верфи. Теперь она состояла уже из двух зданий в виде букв «П», вложенных одна в другую. В корпусах внутреннего здания располагались мастерские, а во внешнем размещались административные учреждения для управления флотом. В ходе перестройки были сооружены новые эллинги, предназначенные для строительства больших линейных кораблей.
Во внутренний двор вели ворота, над которыми возвели на каменном основании высокую башню со шпилем и с часами. Устройством шпиля занимался «шпицных и столярных дел мастер» фон Болес (Ван Болес, Фонболес). В 1711 г. нижнюю, воротную часть башни по распоряжению Петра перестроили в камне, но ее верх по-прежнему еще оставался фахверковым. Впрочем, шпиль показался царю низковатым, и в 1716 г. он распорядился переделать его, сделав выше. Именно в 1711 г. на сделанном фон Болесом шпиле впервые появился кораблик, ставший ныне одним из символов Петербурга.
Кто сделал кораблик, точно не известно. Предполагается, что это был сам фон Болес, который приехал в Россию в 1711 г. из Амстердама по контракту. Как и многие иностранцы, первоначально приехавшие в нашу страну ненадолго, он остался здесь до самой смерти. Голландец строил шпили, мосты, мельницы, водоотливные машины и пр. Большинство его конструкций являлось технически довольно сложными для того времени сооружениями.
С 1712 г. верфь стала специализироваться на строительстве крупных линейных кораблей. В связи с этим строительство галер и полугалер перенесли ниже по течению Невы, на специально созданный Галерный двор. Позднее, в 1740 г., Галерную верфь перенесли и вовсе на Васильевский остров, к Галерной гавани. Лес для кораблей доставляли к адмиралтейским верфям со складов на острове Новая Голландия по специально прорытым каналам. Ныне на месте этих каналов — Конногвардейский бульвар и улица Якубовича.
В построенной над воротами башне находились различные помещения. В их числе был двухсветный зал, в котором с 1718 г. собиралась Адмиралтейств-коллегия, учрежденная несколькими указами Петра I — от 11 и 15 декабря 1717 г., от 12 декабря 1718 г. и от 28 февраля 1720 г. Здесь же для царя установили тронное кресло под балдахином. Заседания в 11 часов дня прерывались, поскольку в это время Петр привык выпивать несколько рюмок анисовой водки. С тех пор 11 часов дня стали считаться «Адмиралтейским часом», и появилась присказка «Адмиралтейский час пробил, пора водку пить».
Первым президентом Адмиралтейств-коллегии назначили генерал-адмирала Ф. М. Апраксина, а вице президентом коллегии — вице-адмирала К. И. Крюйса. Дом Апраксина стоял рядом с Адмиралтейством, на набережной Невы, на месте нынешнего Зимнего дворца. А дом Крюйса находился чуть дальше на берегу Невы, неподалеку от Зимней канавки и третьего Зимнего дворца.
По регламенту 1722 г. в ведении заседавшей «под шпицем» Адмиралтейств-коллегии находились флот и верфи. Она надзирала также за лесным хозяйством страны, гидрографическими работами, каналами и маяками, пограничными портами, рядом заводов, работавших на флот. При Александре I коллегия, будучи подчинена министру морских сил вице-адмиралу Н. С. Мордвинову (первому военно-морскому министру России), потеряла свое былое значение. Указом от 24 августа 1827 г. ее преобразовали в Адмиралтейский совет при Морском министерстве.
Крепостной ров к 1719 г. углубили, эскарп сделали кирпичным, контрэскарп облицевали дерном, а земляной вал нарастили в высоту до четырех метров. Чуть позже, в 1720 г., по внутреннему периметру Адмиралтейства выкопали глубокий канал, соединявшийся с Невой, достаточный для прохода судов и подвоза к верфи строительных материалов. Правда, нарастить шпиль, согласно пожеланию Петра, к 1719 г. не успели, но в мае Адмиралтейств-коллегия доносила царю, что «спицного дела мастер Германн Ван Болес обещал шпиц достроить всякою столярною и плотничью работою своими мастеровыми людьми, а именно укрепить спиц, поставить на нём яблоко, корабль, отделать внутри и с лица того спица окошки, двери, кзымсы [карнизы], балясы, лестницы со всем как надлежит, кроме того спиц железом обить, на кровле того спица сделать два фонаря столярною и прочею работою как надлежит».