Крымская дивизия заняла оборону по правому берегу Днепра — от Херсона до Екатеринослава, отбивалась от наседающего противника с востока. Ее правый фланг, подходивший к Днепровскому и Бугскому лиманам, был открыт. А когда советские войска оставили Екатеринослав, нависла опасность и над левым флангом. Чтобы надежно прикрыть его, Дыбенко принял решение нанести удар по Екатеринославу, отбить его у врага. Выполнить эту нелегкую задачу он поручил своему боевому заместителю, и Федько блестяще осуществил замысел командира. 15 июля 1919 года город был освобожден. Подтянув свежие полки, усилив их артиллерией, деникинцы перешли в контрнаступление. На окраинах, а затем в самом Екатеринославе более суток шли ожесточенные бои, доходившие до рукопашных схваток. Федько отвел войска из города и занял прочную оборону для защиты левого фланга Крымской дивизии на рубеже реки Мокрая Сура.
Неожиданно Дыбенко получил телеграмму от Подвойского: его вызывали в Киев. Не мог понять, зачем в столь неподходящее время понадобился начальству. За себя оставил Федько.
— Держись, Иван Федорович. Я быстро вернусь.
Очень хотелось встретиться с Коллонтай. Разыскал ее в агитпоезде. Уединившись, она составляла листовку-обращение к защитникам Киева. Александра Михайловна теперь народный комиссар агитации и пропаганды УССР. «Как я счастлива, что я в Киеве, что я на созидательной работе», — вспоминает она о тех днях.
Коллонтай обрадовалась Дыбенко, но сказала, что, зачем его вызвали, она не знает; Подвойского в Киеве нет, он где-то на передовых позициях. Позвала Павла на завод «Арсенал».
— Оттуда сейчас отправляется очередной отряд на фронт. Выступишь, расскажешь о героях славной Крымской дивизии, воодушевишь людей… Это так важно, ведь враг у стен города…
Под Киевом шли кровопролитные бои, деникинцы рвались в город… Одесса, Вознесенск, Черкассы, Переяслав уже заняты белыми. На линии Жабокричь, Крыжополь действуют петлюровцы, далее к югу — румыны и рыскают шайки многочисленных атаманов, повсеместно терроризируют население, вселяют панику.
…Дыбенко встретился с Подвойским. Все выяснилось; вернувшись поздно вечером в гостиницу «Континенталь», где они жили с Коллонтай, увидел в номере Подвойского. Поздоровавшись, Николай Ильич без предисловий объявил, что ЦК принял решение послать группу заслуженных красных командиров в Москву, в Академию Генерального штаба.
— Ты в числе первых.
Дыбенко стоял ошеломленный. Ехать учиться в такое время?!
Заложив руки за спину, Подвойский молча ходил по комнате, потом, повернувшись, остановился перед Дыбенко, стал говорить как-то очень резко. Да, время действительно архитяжелое, но стране нужны свои полководцы, нужны не только для разгрома Деникина и прочих царских генералов; красные командиры нужны армии, которой предстоит защищать социалистическое государство. Напомнил, что академия создана по личной инициативе Владимира Ильича Ленина.
— Мы привлекаем бывших царских офицеров, — продолжал Николай Ильич, — а они нередко предают, бросают нас в критические моменты. «Попробуйте, — говорят, — большевики, сами командовать». Конечно, командуем неплохо, помогают и старые, верные нам кадры. Вот и в академии среди преподавателей встретишь старых профессоров — знатоков военного дела. Их опыт и эрудиция сослужат нам добрую службу.
Подвойский опять помолчал, походил по комнате, спросил:
— Правильно ли мы поступили, предложив Григорьеву и Махно служить Советам? — И сам ответил: — Да, правильно! Чтобы освободить Украину от кайзеровских войск и пришедших им на смену англо-французских оккупантов, от петлюровцев и белогвардейцев, требовалось срочно создать регулярную Красную Армию; брали и таких, как Григорьев, Махно и им подобные, зная, что доверять им полностью нельзя, что они могут изменить, переметнуться на сторону врага… — И вдруг резко оборвал фразу, чуть помолчав, сказал, что Дыбенко должен выехать в Москву.
Дыбенко мечтал о военном образовании, не раз говорил с Коллонтай об этом. Но покидать фронт, когда враги захватили огромную территорию страны, находятся в Донецком бассейне, в Крыму, в Орловской и Воронежской губерниях, в Царицыне… Сказал об этом наркому.
Подвойский оставил Дыбенко на некоторое время в своем распоряжении..
Вернувшись за полночь в гостиницу, Коллонтай сообщила о гибели Анатолия Железняка 26 июня под станцией Верховцево. Он тоже воевал в 14-й армии, командовал бронепоездом. Попали в окружение, решили пробиться. Анатолий, высунувшись из тамбура, стрелял из нагана по наседавшим белякам. Был смертельно ранен. Его похоронили в Москве на Ваганьковском кладбище.
Дыбенко любил этого славного матроса, много сделавшего для Советского государства.
— Теряем лучших моряков! Вечная тебе память, дорогой товарищ Железняк!..
Ожесточенные бои не утихали ни днем ни ночью. В двадцатых числах августа белополяки захватили Житомир и Новоград-Волынский, двадцать пятого петлюровцы ворвались в Фастов и Белую Церковь, тридцатого — в Киев. Назавтра в город пришли и деникинцы…
В тяжелое время уезжал Дыбенко на учебу.