С ростом богатства Рокфеллер старался не изменять провозглашавшемуся им принципу: «Человек должен делать все, что может, и отдавать все, что может». По очевидным причинам организацией, способной оказать ему наилучшую помощь, была Баптистская церковь. Он стал ее наиболее могущественным прихожанином. К этой церкви принадлежало определенное число образованных, бескорыстных и мудрых людей, хорошо знакомых с экономическими и социальными проблемами. Такими людьми были ректор колледжа в Вассаре Джеймс М. Тейлор, ректор Корнеллского университета Джекоб Гулд Шармэн, У.Г.П. Фонсе, ставший вскоре ректором Брауновского университета, директор Теологической семинарии Рочестера Августус Х. Стронг, Томас У. Гудспид и Уильям Рейни Харпер из Теологической семинарии Морган-Парка близ Чикаго. Рокфеллер уже делал щедрые пожертвования баптистским миссиям и школам. Естественно, его благотворительные взносы под влиянием церкви все больше и больше распространялись на сферу университетских колледжей.
В период между Гражданской войной и 1900 годом наши колледжи и университеты ощутили два мощных импульса в отношении обновления и развития. Под руководством таких людей, как Чарльз У. Элиот, Эндрю Д. Уайт и Даниэл Койт Гилмэн, а также благодаря закону Моррилла, революции в научной мысли и технологическому прогрессу было фактически перестроено высшее образование. Второй импульс возник в то время, когда XIX век вступил в свое последнее десятилетие. В 1890 году Соединенные Штаты могли похвастаться всего лишь двумя действительно качественными образовательными учреждениями – университетами Гарварда и Джонса Хопкинса. Но к 1905 году ситуация изменилась с поразительной быстротой. В 1891 году открыл двери Стэнфордский университет, в 1892 году – Чикагский университет, в 1894 году – университет Кларка. Проявили себя такие ученые мужи, как Дэвид Старр Джордэн, Г. Стэнли Холл и Уильям Рейни Харпер, вместе с ними действовали такие новые столпы сферы образования, как Николас Мюррей Батлер в Колумбийском университете, Эдмунд Дж. Джеймс в университете Иллинойса и Саймон Паттен в Принстонском университете. Университеты достигали зрелости мгновенно. Столь быстрые и далекоидущие новации, какие отличали новые Чикагский и Стэнфордский, а также старые Колумбийский и Гарвардский университеты, стали возможными только благодаря внушительным пожертвованиям.
Не было сомнений, что Рокфеллер сыграет выдающуюся роль в содействии развитию высшего образования среди таких спонсоров, как Карнеги, Армор, Стэнфорд,
Джонас Кларк, Пулитцер, Дьюк и многие другие богатые люди. Он был одним из старейшин группы руководителей бизнеса, существовавшей со времени Гражданской войны. К 1890 году он далеко опережал их всех по размерам богатства, и в нем укоренилась привычка выделять на благотворительность крупные в сравнении с его состоянием суммы. Он находился в гуще сложных дел, но все больше сознавал обязанности, которые налагало на него свалившееся бремя богатства. Оно ставило его лицом к лицу перед двумя видами ответственности – меньшей в отношении инвестирования капитала, большей в отношении филантропии. В течение многих лет он настаивал на том, чтобы значительная часть прибыли «Стандард ойл» вкладывалась в оборудование и расширение производства, в то время как он наращивал свою долю акционерного капитала в корпорации. Не позже середины 1890-х годов он купил большие пакеты акций у Флэглера, затем окунулся в бизнес во Флориде. Когда в 1882 году образовался трест, Рокфеллер располагал четвертью его акций, через 15 лет он владел приблизительно 3
/10 акций.Трест вырабатывал поток богатства, какой ни одна другая крепко сбитая корпорация в мировой истории не могла себе позволить. Его годовые дивиденды точно показывают уровень доходов, поступавших в сейфы Рокфеллера. В 1887 году они достигали 13 705 000 долларов. Опустившись в 1889 году до 10 620 000 долларов, доходы Рокфеллера вновь подскочили в 1890 году до более чем 11 000 000. За шестилетний период 1885–1890 годов дивиденды, выплаченные «Стандард ойл», немного не достигли 60 000 000, в которых доля Рокфеллера составляла 15 000 000—20 000 000. В следующие шесть лет объем дивидендов достиг более 80 000 000, из которых главе треста причиталась соответствующая сумма.
Он все еще нуждался в подходящем механизме инвестирования этих денег. Советы партнеров, банкиров и друзей не приносили желаемых результатов. Удручало также отсутствие системного подхода в пожертвованиях. Он выделял сотни тысяч долларов ежегодно на разные проекты и в помощь многочисленным учреждениям.
С присущей ему методичностью он придерживался тщательно разработанных правил в своей благотворительной деятельности. Но он нуждался в исследовательском и административном офисе для такой работы.