Российские власти были наслышаны о глубокой эрудиции словацкого (австро-венгерского) ученого. Балугьянский был знаком не только с идеями классиков политической экономии А. Смита (1723–1790), Д. Рикардо (1772–1823), но и читал труды французских экономистов, таких как А. Р. Ж. Тюрго (1727–1781), Ж.-Б. Сэй (1767–1832), поэтому словацкого ученого старались привлечь к разработке планов реформирования государственного управления. В период с 1806 по 1808 г. Балугьянский опубликовал в «Статистическом журнале» ряд статей, в которых описывал экономическое учение А. Смита и предшествующих ему экономистов. Первые три статьи объединялись под общим названием «Национальное богатство. Изображение различных хозяйственных систем», а четвертая, называвшаяся «О разделении и обороте богатства», была посвящена рассмотрению учения меркантилистов и физиократов школы Ф. Кенэ [см.: Балудянский, 1806, 1808].
Именно поэтому помимо приглашения на преподавательскую должность он получил еще и назначение во вторую экспедицию Комиссии составления законов на должность редактора отдела государственного хозяйства и финансов. В период с 1809 по 1812 г. М. А. Балугьянский состоял начальником IV отделения комиссии, а также работал в Министерстве финансов, выступая своего рода консультантом-администратором.
В комиссии он участвовал в составлении проектов свода законов публичного права, реорганизации министерств, в разработке отдельных вопросов экономического и финансового законодательства. Он принимал участие в разработке законодательства по освобождению лифляндских крестьян от крепостной зависимости, по поручению Министра финансов вырабатывал новый финансовый план, вызванный необходимостью покрытия чрезмерных военных расходов.
В русской историко-экономической литературе роль это выдающегося ученого в подготовке финансовых реформ часто принижается, а то и вовсе замалчивается. Например, современный российский экономист А. Г. Коломиец утверждает, что главным автором «Плана финансов» были М. М. Сперанский, Д. А. Гурьев и Н. С. Мордвинов (см.: [Коломиец, 2001, с. 245]). На деле роль последнего в составлении плана совсем незначительна, он принимал участие только в его финальном обсуждении (см.: [Дубянский, 2012, с. 92–93]).
Д. А. Гурьев не располагал необходимыми компетенциями в области финансов, да и вообще, по замечаниям современников, он «обладал умом неповоротливым, и ему трудно было удержать равновесие рассуждений». Однако ему был присущи недюжинный организаторский талант и умение разбираться в людях, благодаря которым он стал в дальнейшем «сильным» министром финансов во времена царствования императора Александра I (подробнее о Д. А. Гурьеве см.: [Марней, 2009]). Именно Гурьев одним из первых обратил внимание на способности М. А. Балугьянского и стал привлекать его к работе в области финансов.
Некоторые исследователи считают, что истинным автором финансовых новаций, предложенных Гурьевым в бытность его министром финансов, является М. А. Балугьянский (см., например: [Баранов, 1882]). Занижение роли Балугьянского в формировании финансовой системы объективно обусловлено тем, что он практически не публиковался, и поэтому можно составить лишь приблизительное представление о его взглядах. Все, что известно о его научном мировоззрении, получено из воспоминаний других людей, работавших с ним в разные периоды времени (см.: [Аникеева, 2010]).