Если рассматривать взаимоотношения Сперанского и Балугьянского, то в совместной работе над планами финансовых преобразований в России эти государственные деятели удачно дополняли друг друга. «Недостаток Балугьянского и, наоборот, преимущество Сперанского заключались в незнании первым и в превосходном знании вторым русской действительности и административной машины по опыту с малых должностей» [Фатеев, 1931, с. 38]. В области же финансовых наук Сперанский был неофитом и изучал их путем самообразования. Он был, конечно, одаренным человеком, но за считанные месяцы вряд ли смог освоить все нюансы необходимых экономических дисциплин. На наш взгляд, именно поэтому в качестве основы для предстоящих финансовых реформ была взята записка Балугьянского. Таким образом, можно считать, что именно М. А. Балугьянский явился тем, кто заложил первый камень в основание русских финансовых реформ. Поэтому знаменитый «План финансов», автором которого принято считать М. М. Сперанского, было бы точнее назвать планом Балугьянского – Сперанского. Так, например, считал русский ученый – исследователь деятельности М. М. Сперанского С. М. Середонин [Середонин, 1909, с. 81]. Аналогичной точки зрения придерживался и известный советский историк экономической мысли В. М. Штейн, считавший, что Балугьянский заслуживает почетного места в русской истории, непосредственно рядом со Сперанским [Штейн, 1948, с. 34]. Михаил Андреевич может быть отнесен к редкой в России категории ученых, которых Й. Шумпетер называл «консультантами-администраторами», говоря, что этот термин синонимичен понятию камерализма [Шумпетер, 2004, с. 419–421]. То, чем занимался Балугьянский, а именно консультированием и образованием чиновников, а также обучением членов императорской семьи, по мнению Шумпетера, можно было считать «камеральной наукой или государственной наукой и что было бы правильнее назвать “основами экономического управления и экономической политики”» [Шумпетер, 2004, с. 420].
С 1813 по 1817 г. М. А. Балугьянский преподавал великим князьям Николаю и Михаилу Павловичам (родным братьям царствовавшего в то время Александра I) естественное, публичное и народное право. Кроме этих дисциплин, в течение недолгого времени он читал им также политическую экономию. В дальнейшем его сменил в преподавании данной дисциплины А. К. Шторх. Эти занятия приблизили М. А. Балугьянского к царской семье. Знакомство с первыми лицами государства сыграло решающую роль в его судьбе.
Ректор Санкт-Петербургского университета.
В марте 1819 г., вскоре после открытия Санкт-Петербургского университета, Балугьянский был избран деканом философско-юридического факультета, где он читал курс под названием «Энциклопедия юридических и политических наук» и политическую экономию.В октябре этого же года состоялась конференция по избранию ректора вновь образованного университета. Голоса выборщиков на этой конференции разделились поровну между профессорами М. А. Балугьянским и Э. Б. С. Раупахом (1784–1852), который в Санкт-Петербургском университете преподавал курс всеобщей истории. В результате по жребию пост ректора достался Раупаху. Однако Комитет министров не признал выборы по жребию и рекомендовал провести новое голосование, по итогам которого победил М. А. Балугьянский.
На основании этого решения 27 октября 1819 г. он был утвержден императором Александром I в должности ректора Санкт-Петербургского университета. Кроме того, Балугьянскому была предоставлена должность заведующего кафедрой энциклопедии юридических и политических наук и политической экономии. По сути, эта была одна из первых кафедр политической экономии в России. В университете был собран, пожалуй, лучший в стране на тот период времени педагогический состав. В лекциях преподавателей ярко проявлялись просветительские идеи, характерные для той эпохи, и смелость научных воззрений.
Главной заслугой М. А. Балугьянского на посту ректора является разработка проекта устава Санкт-Петербургского университета, который предусматривал неограниченную правительством автономию вуза, а также возможность получения высшего образования для всех сословий русского общества. Петербургский университет должен был, по мнению автора проекта, стать в научных исследованиях головным учебным заведением страны, способствуя созданию научных обществ по всей стране, и обеспечить написание и издание учебной и научной литературы. По своей направленности проект М. А. Балугьянского отражал современные для того времени тенденции в области просвещения и высшего образования. Проект устава отвергли, был реализован «типовой» устав российских университетов, а впоследствии принят реакционный устав в редакции 1835 г., тем не менее многие мысли и идеи Балугьянского, заложенные в его проекте, длительное время оказывали влияние на развитие университетского образования в России.