В сентябре 1998 г. российское правительство возглавил Е. М. Примаков. Коалиционному правительству Е. М. Примакова удалось удержать страну от полного финансового краха. Были сокращены государственные расходы и бюджетный дефицит, а также долги государства по зарплате и пенсиям, уменьшено налоговое бремя населения. Но реальное состояние дел в экономической и социальной сферах не улучшалось так, как хотелось бы.
В мае 1999 г. и это правительство Е. М. Примакова было отправлено в отставку «по причине неэффективности экономической политики».
Новым премьер-министром был назначен бывший министр внутренних дел С. В. Степашин. А уже в августе 1999 г. Б. Н. Ельцин заменил его В. В. Путиным, бывшим сотрудником КГБ СССР, который обещал бороться с преступностью и коррупцией, наметил ряд мер по укреплению авторитета и улучшению положения армии, а также по повышению размеров пенсий и зарплат. Как свидетельство решимости В. В. Путина бороться до конца с преступностью были восприняты его действия по остановке волны терроризма, выразившейся в захвате чеченскими экстремистами двух районов Дагестана и взрывах жилых домов в Буйнаксе, Москве и Волгодонске. Все это содействовало повышению авторитета нового премьер-министра.
Ввиду того, что, несмотря на Хасавьюртовские договоренности, чеченские экстремисты продолжали захваты заложников, похищение людей, работорговлю, бандитские нападения на прилегающие районы Ставрополья с целью грабежа и угона скота, в Чечню вновь были введены Федеральные войска.
Это было также ответом на рейд отряда чеченских боевиков весной 1999 г. в Дагестан с целью захвата двух районов этой республики и обеспечения выхода к Каспийскому морю. Тогда при поддержке местного населения Дагестана чеченские экстремисты были вытеснены федеральными войсками из захваченных ими районов, а по скоплениям террористов и их базам в Чечне были нанесены мощные удары с использованием авиации. Началась вторая чеченская война, именуемая антитеррористической операцией. Эта операция затянулась надолго. По данным министра финансов, операция в Чечне обходится казне в 2,5 млрд рублей в месяц.
Кроме того, большие затраты делались правительством России на восстановление разрушенных зданий и различных объектов.
Таким образом, в течение 1994–1999 гг. затраты на все операции в Чечне составили весьма внушительную сумму, которую можно было потратить на решение важных экономических проблем в кризисных ситуациях этого периода.
Чеченская проблема, к большому сожалению не единственная в России в 90-х гг. ХХ в. Начиная с момента провозглашения России суверенной республикой, одной из самых сложных проблем является взаимоотношение центра и регионов. От решения этой проблемы напрямую зависит сохранение целостности Российской Федерации. Современная Россия остается континентальной державой с четким делением на центр и периферию. Она состоит из 89 субъектов Федерации: столичного, национальных и с собственно русским населением. Москва является не только столицей государства, но и отдельным субъектом Федерации. В 90-е гг. с самого начала среди населения регионов наблюдался рост национального самосознания, которое нередко принимает форму национально-религиозную. Это явление широко распространено в мусульманских районах Северного Кавказа и Поволжья.
В результате экономических реформ этого периода изменились отношения между центром и регионами, появилась возможность установления контактов и религиозных связей с зарубежными странами. Но одновременно оказались подорваны прежние устои и основы порядка, нравственности, поведения людей. При отсутствии общегосударственной идеологии национальные идеи берут на себя задачу восстановления единства, общности людей, но уже на региональном уровне. Большую роль в укреплении национального самосознания населения регионов играет элита – представители власти или авторитетные люди коренной национальности. Некоторые представители национальных элит ставят вопрос о создании собственных суверенных государств. В частности, этот вопрос поднимал Президент Калмыкии К. Илюмжинов.