С притоком большого количества новых священников-семинаристов в 1574 году и прибытием иезуитов в 1580 году усилилось сопротивление католиков. С пополнением своих рядов старая религия уже не собиралась умирать, ее пришлось бы уничтожать. Елизавета медленно приспосабливалась к обстоятельствам. Она всегда неохотно меняла выбранный политический курс. Возможно, она была ответственной за смягчение наказаний для нонконформистов, предусматривавшихся законопроектом в 1581 и 1582 годах. Лестер возопил: «Ничто не огорчает меня больше, чем наблюдать, как наша королева искренне верит в то, что увеличение числа папистов в ее королевстве не представляет для нее никакой опасности»18. Но, наконец, она сдалась. В 1582 году была издана прокламация, по которой все семинаристы и иезуиты являлись изменниками, так что само это звание приравнивалось к преступлению. Определение приняло силу закона в 1585 году. С 1583 года выявление нонконформистов было поручено специальным комиссиям и усилилось давление на аполитичных католиков. Сохранялась свобода вероисповедания, но католики подвергались штрафам, заключению в тюрьмы и даже казни за то, на что раньше власти закрывали глаза. До 1582 года Елизавета боялась преследовать католиков, позже она боялась этого не делать.
Но, по крайней мере, в первый период царствования, Елизавета старалась избегать ненужных нападок на католиков. Этим объясняются ее конфликты с благочестивыми протестантами — она стремилась обходить те аспекты протестантизма, которые могли вызвать недовольство консерваторов. В этом свете следует рассматривать ее столкновение с архиепископом Гриндалом по поводу толкований Священного предания, потому что по вопросу проповеди, как и по некоторым другим вопросам, попытки Елизаветы умиротворить католиков оскорбляли убежденных протестантов. Толкования были регулярными местными собраниями, на которых священники интерпретировали библейские тексты, а их руководители это комментировали; это были дополнительные занятия, чтобы усовершенствовать качество проповедей, а так как миряне тоже иногда присутствовали, собрания были средством обращения в религию. Толкования подчеркивали протестантизм англиканской церкви, стремились сделать ее миссионерской церковью, а так как часто приходили мировые судьи, они, казалось, связывали государство с миссионерской деятельностью. Должно быть, все эти аспекты обеспокоили королеву относительно реакции католиков, и в 1574 г. Елизавета приказала епископу Сандзу прекратить толкования в Лондоне. Сандз возразил, что собрания хорошо организованы и полезны, и промедлил. Когда архиепископ Паркер распространил то же самое запрещение на епархию Нориджа, епископ Паркхерст заручился поддержкой членов Тайного совета, поскольку пришлось предпринять действия против собраний. В 1575 г. Елизавета приказала епископу Линкольна покончить с толкованиями в его епархии, но он тоже медлил, заручившись поддержкой местных мировых судей, и действовал лишь с крайней неохотой. В 1576 г., во время поездки по центральным графствам, Елизавета услышала, что толкования очень популярны в Саутгеме, и приказала епископу Личфилда покончить с ними.
До сих пор королевская кампания против толкований была половинчатой; королева обращала внимание только на конкретные собрания. Но в 1576 г. она дала указание архиепископу Гриндалу покончить с такой деятельностью и сократить количество официальных проповедников до трех или четырех на каждую епархию: она была решительно настроена на сокращение проповеднической деятельности англиканской церкви. Гриндал дважды получал устные приказы от королевы, но не подчинился. Во-первых, он разослал указания своим епископам, чтобы заручиться полным одобрением толкований от десяти из пятнадцати адресатов, и потом написал королеве, отказываясь выполнить ее приказ. Гриндал представил решительную защиту необходимости проповедей и фактически сказал Елизавете, чтобы она занималась государственными делами и оставила религию епископам. Верховная правительница церкви была в ярости: Гриндала отстранили от должности, и в мае 1577 г. сама Елизавета приказала епископам прекратить толкования (хотя, что очень важно, теперь она опустила требование о сокращении проповедей, вероятно, из-за отсутствия поддержки со стороны своего Совета; неповиновение Гриндала по меньшей мере сузило проблему до толкований). Затем последовали мучительные маневры, во время которых королева время от времени пыталась форсировать конфронтацию со своим архиепископом, а ведущие советники старались защитить Гриндала от ее гнева и выработать компромисс. Шесть лет, до смерти Гриндала в 1583 г., у церкви не было активного архиепископа Кентерберийского.