Он уже проиграл свою игру, но еще не голову. Несмотря на гнев королевы, официального обвинения в государственной измене не последовало. Однако его неосторожные интриги сыграли роль первого камешка, за которым обрушилась лавина. Слухи о его заключении и чрезвычайные меры, предпринятые правительством на случай волнений среди католиков, спровоцировали последних. Католический север восстал, графы Нортумберленд и Вестморленд повели своих дворян и народ к Тэтбери с намерением освободить Марию Стюарт и провозгласить ее королевой. Все обиды и унижения, которые претерпели эти люди со времен Генриха VIII, разогнавшего их монастыри и разбившего их святыни, все страхи, пережитые ими, когда они прятали в подполах своих домов католических священников и тайно пробирались на мессу, — все это вылилось в их радостном марше под священным знаменем с изображением стигмат — кровоточащих ран Христовых. Восставшие овладели всем севером, с наслаждением разгромили протестантские церкви и остановились в растерянности. Мария Стюарт была спешно эвакуирована, и они не сумели освободить ее. Вестей от испанцев, к которым они взывали о помощи, не было. Они были плохо вооружены и не готовы к длительной войне. Между тем вся остальная Англия была приведена в готовность: флот, местная милиция, ополчение. Против повстанцев собралась настоящая армия, ибо протестантские подданные остались верны своей королеве.
В декабре 1569 года незримая граница между протестантской и католической Англией проходила где-то в районе Йорка, куда спешили правительственные войска. Два религиозных мира недолго противостояли друг другу. Католики потеряли присутствие духа, дрогнули и отступили. Их вожди бежали из страны, оставив свой доверчивый народ расплачиваться за их просчеты и собственную веру. Около шестисот человек было казнено. Слабым утешением их вдовам и сиротам было то, что и графа Нортумберленда схватили в Шотландии, выдали англичанам и его голова также скатилась с плеч. Елизавета впервые пролила кровь. Это была кровь ее подданных, тех, чьи взгляды она не разделяла, но с которыми надеялась жить в мире. Она не могла не поставить эти смерти в вину Марии Стюарт, хотя та и сама была игрушкой в руках судьбы, делающей одних людей от рождения католиками, а других — протестантами. Как бы то ни было, первая жертва на алтарь религиозного фанатизма была принесена. За ней последовали новые.
Среди религиозных зилотов обоих толков расправа над Северным восстанием и последовавший за ней рейд английской армии вдоль шотландской границы, чтобы разогнать силы, готовившиеся из Шотландии оказать поддержку английским католикам, вызвали бурю противоречивых чувств. Протестанты возносили благодарственные молитвы за чудесное избавление страны от опасности, католики скорбели, папа негодовал. В начале 1570 года он издал буллу об отлучении королевы Елизаветы от церкви: ее права на престол (в который уже раз) объявлялись незаконными, а подданные освобождались от присяги и необходимости соблюдать законы, установленные ею. В более прагматичном мире политиков, однако, не изменилось ничего. Католические монархи — и Карл IX, и Филипп II, и император Максимилиан II — дружно сочли папский демарш недомыслием и глупостью и постановили не предавать буллу огласке. Шаткое равновесие сил в Европе было сохранено.