Тем не менее разногласия между царскими женами привели к открытому конфликту, когда в 132–131 годах до н. э. Фискон и Клеопатра III были вынуждены в результате народных волнений укрыться на Кипре. Скорее всего, именно Клеопатра II спровоцировала этот мятеж против своего супруга: она предложила народу Александрии признать царем сына, которого она родила от Фискона и которому было всего двенадцать лет. Но ребенок находился не в Египте; его отец, приняв меры предосторожности, отослал его в Кирену, а оттуда вызвал на Кипр. Тогда Клеопатра II стала править единолично, отвергнув имя Эвергет, которое она разделяла до тех пор со своим супругом, и взяла себе имя Филометор, которое она носила вместе со своим первым мужем, Птолемеем VI, и прибавила к нему имя Сотейра, «спасительница», отсылавшее к Птолемею Сотеру. Казалось, что она получила поддержку александрийцев, то есть греко-македонского общества и общины евреев, которых очень много обосновалось в городе со времени гонений, устроенных Антиохом IV в Палестине. Чтобы отомстить, Фискон убил своего сына и послал расчлененное тело ребенка его матери. Эта невероятная жестокость задала тон кровавой борьбе между двумя династическими группировками, которая раздирала Египет в течение нескольких лет, сопровождаясь грабежами, убийствами и дикой анархией, о которой свидетельствуют документы того времени и для которой даже было придумано слово — amixia
(«дикость»), Фискон добился поддержки некоторых групп коренного населения против сторонников Клеопатры II. Даже стратегом Фиваиды (Верхнего Египта) он назначил исконного египтянина. За два года царь вернул себе власть над страной, и Клеопатра II оказалась заперта в Александрии. Тогда ей пришла в голову мысль призвать на помощь селевкидского царя Деметрия II, который недавно вернулся в свои сирийские владения после десятилетного плена у парфян: Деметрий был ее зятем, поскольку был женат на Клеопатре Тее — дочери Клеопатры II и Филометора, которой было не по нраву возвращение царственного мужа. Деметрий, увлеченный перспективой стать коронованным царем Египта, решился на эту авантюру, но не сумел войти в Дельту. Клеопатра II бежала из Александрии по морю в Сирию, унеся с собой свои сокровища. Осажденный город сдался только через несколько месяцев после побега царицы. Птолемей VIII сурово обошелся с мятежниками. Поскольку греческое население поддержало Клеопатру, он строго наказал его, отменив многочисленные общества, в которые были объединены греки, конфисковав их имущество либо обязав их распродать свою собственность. Кроме того, царь продемонстрировал свою подозрительность в отношении образованных и ученых людей, чем вынудил многих из них покинуть страну в поисках другого пристанища в греческом мире. Такое отношение к ним, наверное, имело место с самого начала его правления в 145 году до н. э. Конечно, достойно удивления, что образованный, умный, интересующийся философскими изысканиями государь, сам написавший «Воспоминания», полные разных размышлений, подвергал гонениям интеллектуалов. В данном случае им двигали политические интересы, ибо речь шла об устранении оппозиционеров: этим он заслужил прозвание Какергет, «творящий зло», обратное его официальному эпитету — Эвергет, «благодетель».