И все же Джефферсон очень хотел привлечь на сторону республиканцев всех тех простых религиозных людей, которые голосовали за его противника. Для этого, как он знал, ему нужно было отвести обвинения федералистов в том, что он враг христианства. Поэтому, к удивлению многих федералистов, в своей первой инаугурационной речи он сказал много хорошего о религии. Он также прекрасно понимал, какой эффект произведет его деятельность в качестве президента, когда в январе 1802 года он посетил церковную службу, проходившую в зале заседаний Палаты представителей. Его посещение вызвало широкий общественный резонанс и поразило федералистов. Несмотря на наличие других церквей, Джефферсон продолжал посещать церковные службы в зале Палаты представителей и предоставлял здания исполнительной власти для проведения церковных мероприятий. Иногда музыкальное сопровождение религиозных служб обеспечивал оркестр морской пехоты США. Однако, будучи президентом , Джефферсон придерживался своей клятвы никогда не объявлять дни поста и молитвы, как это делали два его предшественника.
В 1803 году, получив экземпляр книги Джозефа Пристли "Сравнение Сократа и Иисуса", Джефферсон решил изложить свои собственные мысли в сочинении, которое он назвал "Syllabus of an Estimate on the Merit of the Doctrines of Jesus, compared with Those of Others". Он отправил копии этого эссе из тысячи слов Пристли, Бенджамину Рашу (который спрашивал его о религиозных взглядах), другу Джону Пейджу, а также членам своего кабинета и семьи. Вслед за этим эссе он выпустил отредактированную версию Нового Завета, в которой вырезал все упоминания о сверхъестественных чудесах и божественности Христа, но сохранил все отрывки, в которых Иисус проповедовал любовь и Золотое правило. Он назвал этот сборник "Философия Иисуса". Он сказал одному другу, что эти работы, которые стали называться Библией Джефферсона, являются "доказательством того, что я настоящий христианин, то есть ученик доктрин Иисуса, сильно отличающийся от платоников, которые называют меня неверным".23 Несмотря на то что он так и не опубликовал эти труды, поползли слухи о том, что Джефферсон изменил свои религиозные взгляды, которые Джефферсон старательно опровергал.
В 1802 году он направил баптистам Дэнбери (штат Коннектикут) письмо, в котором заявил, что Первая поправка к федеральной Конституции воздвигла "стену отделения церкви от государства".24 Маловероятно, что Джефферсон имел в виду такую высокую и зачастую непроницаемую стену между церковью и государством, которую поддерживают современные юристы. Более вероятно, что он преследовал исключительно политические цели. (В самом деле, через два дня после написания этого письма он посетил церковную службу в Палате представителей).25 Для Джефферсона стена разделения, возможно, не была решающим моментом его послания. Для него стена была лишь средством для достижения более важной цели. Она дала бы время разуму и свободному исследованию проделать свой путь к окончательному просвещению, за которое он выступал. Другими словами, в краткосрочной перспективе стена могла бы защитить баптистов от Постоянного ордена пуритан Коннектикута, но Джефферсон считал, что в долгосрочной перспективе и баптисты, и Постоянный орден, как и все религии, основанные на вере, а не на разуме, обречены на вымирание. Действительно, в 1822 году Джефферсон продолжал верить, что "нет ни одного молодого человека, живущего сейчас в Соединенных Штатах, который не умер бы унитаристом".26
Конечно, он не мог ошибаться. Джефферсон не понимал, какие политические силы стояли за его успехом и успехом Мэдисона в проведении его законопроекта о свободе вероисповедания через законодательное собрание Вирджинии. Возможно, он думал, что большинство виргинцев согласны с просвещенным мышлением, содержащимся в его преамбуле, но законопроект никогда бы не прошел без подавляющей поддержки растущего числа раскольников-евангелистов-пресвитериан и баптистов в штате, которые так ненавидели англиканский истеблишмент, что им было все равно, что написано в преамбуле. Этими евангелистами двигал не просвещенный рационализм, а растущее понимание того, что лучше нейтрализовать государство в вопросах религии, чем рисковать тем, что один из их религиозных противников получит контроль над правительством.
В конце концов, такой просвещенный мыслитель, как Джефферсон, не мог говорить от имени популярного христианского мира ранней Республики. Но кто-то вроде баптиста-сепаратиста из "Нового света" Айзека Бэкуса мог. Отделение церкви от государства, возникшее в начале XIX века, во многом обязано евангельским христианам вроде Бакуса. Родившись в Коннектикуте в 1724 году и получив всего семь лет начального образования, Бэкус более шестидесяти лет служил в своем приходе в Миддлборо (штат Массачусетс), бросая вызов конгрегационалистскому истеблишменту штата. На протяжении всей своей карьеры он проповедовал, писал и путешествовал (по тысяче миль в год) в интересах баптистского дела.27