Перед заправкой баков ракеты топливом начинает работу система контроля заправки. Специфические особенности компонентов топлива, такие, как, например, сверхнизкие температуры, малый удельный вес, а также высокие требования по точности измерений (они должны выполняться с погрешностью всего в 10 мм при высоте баков до 30 м), потребовали создания для "Энергии" уникальной по своим техническим характеристикам и возможностям системы контроля. Для этого в каждом из баков установлены емкостные дискретные и непрерывные датчики, позволяющие измерять уровень топлива по всей высоте бака. Их показания через наземную аппаратуру поступают в автоматическую систему подготовки пуска ракеты и используются затем для управления процессом заправки, в том числе и синхронизации заполнения. Все это позволяет избежать нерасчетной нагрузки на конструкцию ракеты.
После окончания заправки упомянутые системы совместно с наземными обеспечивают вплоть до старта регулирование среднебаковой температуры с точностью до одного градуса и уровня переохлажденных компонентов топлива. Нужно сказать, что в процессе всех предпусковых операций параметры ракеты и наземных систем регулируются и при необходимости отображаются на пультах операторов.
С завершением заправки ракеты топливом в действие вступают бортовой и наземный комплексы автономного управления. Такой комплекс способен обеспечить полностью автоматический режим предпусковые проверок всей бортовой аппаратуры ракеты, выполнить предпусковые операции, осуществить запуск двигателей и управление системами и ракетой при автономном полете. Перед пуском ракеты в память вычислительной машины бортовой системы управления вносятся оперативные данные полетного задания, которые уточняют ранее размещенный массив информации на пуск. Например, фактическую температуру топлива, последние данные по метеоусловиям. После этого начинается непрерывный автоматический режим работы ракеты. По заданной циклограмме включаются различные системы, контролируется выполнение команд комплекса автономного управления.
При обнаружении неисправности (контролируются несколько сот операций) в систему подготовки пуска выдается команда автоматического прекращения подготовки. Выполнение дальнейших операций отменяется и комплекс автономного управления приходит в исходное состояние. Однако в зависимости от момента выдачи команды прекращения подготовки возможно принятие решения и о повторении предпусковых операций, но уже со сдвигом момента пуска по времени. Если же команда сформирована после так называемых "необратимых" операций (отстрела от ракеты наземных электро-пневмокоммуникаций, выдачи команды на запуск двигателей, и других), то уже необходимы восстановительные работы. А чтобы обеспечить безопасность их проведения, приходится выполнять и слив топлива из баков.
В процессе предпусковых операций на борту ракеты включаются бортовые источники электропитания. Вместе с ними свой контроль начинает система аварийной защиты двигателей. С помощью специальной оптико-электронной системы прицеливания приводятся в стартовое положение гироскопы. Перед запуском двигателей второй ступени включается система дожига выбросов не прореагировавшего водорода. Система пожаро-взрывопредупреждения продолжает контроль состояния газовой среды в отсеках пусковой установки и возможного возгорания паров водорода после пуска ракеты, и если возникнет необходимость, способна подать в соответствующий отсек газообразный азот.
За безопасностью работы двигателей первой и второй ступеней следит система аварийной защиты. В ее составе - датчики температуры, давления, оборотов турбонасосного агрегата и других критичных параметров двигателей, а также усилительно-преобразующая аппаратура и цифровой вычислительный комплекс, обрабатывающий информацию от датчиков всех восьми двигателей. При отклонении параметров какого-либо двигателя за установленные пределы выдается команда на выключение аварийного двигателя и тем самым исключается возможность его разрушения.
В отличие от традиционных схем бортовых систем автономного управления в полете система управляет еще и всем бортовым комплексом. Она распределяет между всеми потребителями электроэнергию, получаемую на первой ступени от батарей, а на второй - от турбогенераторного источника тока, руководит расходованием топлива и регулирует работу всех двигателей, управляет автоматикой отделения ступеней ракеты и полезного груза, включает и переключает режимы и выключает все смежные системы.
Высокая степень автоматизации, применение самых современных математических методов формализации технологических процессов подготовки и пуска - основные особенности наземного комплекса ракеты-носителя "Энергия".