В 1980 году Баро защитил в Ганноверском университете диссертацию на основе «Альтернативы», а в 1983 году получил полную докторскую степень.
В ФРГ участвовал в процессе интеграции социалистических сил, в том числе социал-демократических и альтернативных групп. Был членом-учредителем Партии зеленых, а в 1982 году избран в состав ее руководства. Считался так называемым фундаменталистом, в результате серьезных политических разногласий в 1985 году вышел из партии. Отстранившись от «зеленых», он стал горячим сторонником Михаила Горбачева, который, по его мнению, наиболее полно проводил в жизнь концепцию «Альтернативы».
Осенью 1989 года Баро вернулся в Восточный Берлин. На чрезвычайном съезде СЕПГ выступил с сенсационной речью, в которой призывал остановить экономическое развитие и перейти к экологическому образу жизни. В сентябре 1990 года принял должность профессора в Университете им. Гумбольдта и основал Институт социальной экологии.
Вторая после «Альтернативы» значительная книга Баро – «Логика спасения» (1987). В ней он подверг фундаментальной критике способы управления производством, которые ведут к разрушению окружающей среды. Им он противопоставил «субъективность спасения», которая начинается с преображения самого себя посредством медитации и изменения образа жизни и простирается до перестройки материальных основ общества. В последние годы жизни работал над новым пониманием политики на основе идей Платона, Иоахима Флорского (государство Божие, в котором царит любовь и равенство) и Жана Гебсера (идея «homo integralis»).
В 1995 году заболел раком. Умер в Берлине.
Чему учит пример Бетховена // Вопросы философии. 1970. № 12; То же на англ.: The Alternative In Eastern Europe. London; New York: New Left Books/Verso, 1978.
Логика спасения. [Реферат]. М.: ИНИОН, 1989.
Письма Р. Баро М. С. Горбачеву и В. М. Фалину // Фалин В. М. Конфликты в Кремле: сумерки богов по-русски. М.: Центрполиграф, 1999; 2016.
In dieser Richtung. Gedichte. Berlin (DDR): Verlag Volk und Welt, 1960.
Die Alternative. Zur Kritik des real existierenden Sozialismus. Köln, 1977; Hamburg, 1980; Berlin, 1990; То же на англ.: The Alternative In Eastern Europe. London; New York, 1978.
Die nicht mit den Wölfen heulen. Das Beispiel Beethoven und sieben Gedichte. Köln: Europäische Verlagsanstalt, Köln, 1979.
Elemente einer neuen Politik. Zum Verhältnis von Ökologie und Sozialismus. Berlin, 1980; То же на англ.: Socialism and survival. London, 1982.
Was da alles auf uns zukommt. Perspektiven der 80er Jahre / mit E. Mandel und P. von Oertzen. Band 1. Entwicklungstendenzen in Ost und West; Band 2. Die politischen Perspektiven der 80er Jahre. Berlin (West), 1980.
Les conditions du changement // L’Alternative. 1980. № 2.
Plädoyer für schöpferische Initiative. Zur Kritik von Arbeitsbedingungen im real existierenden Sozialismus. Köln, 1980.
Wahnsinn mit Methode. Über die Logik der Blockkonfrontation, die Friedensbewegung, die Sowjetunion und die DKP. Berlin (West), 1982.
From Red to Green. Interviews with New Left Review. London, 1984.
Radikalität im Heiligenschein. Zur Wiederentdeckung der Spiritualität in der modernen Gesellschaft / mit J. Foudraine, A. Holl und E. Fromm. Berlin (West), 1984.
Pfeiler am anderen Ufer. Beiträge zur Politik der Grünen von Hagen bis Karlsruhe. Berlin (West), 1984; То же на англ.: Building the Green movement. London, 1986.
Logik der Rettung. Wer kann die Apokalypse aufhalten? Köln, 1987; Stuttgart; Wien, 1989; Berlin, 1990; То же на англ.: Avoiding Social and Ecological Disaster: The Politics of World Transformation. Washington, 1994.
Die Zukunft der Demokratie. Entwicklungsperspektiven in Ost und West / mit L. Neidhart, N. Leser und M. Voslensky. Wien, 1988.
Rückkehr. Die Umweltkrise als Ursprung der Weltzerstörung / mit R. Spittler. Berlin; Frankfurt, 1991.
Bleib mir der Erde treu! Apokalypse oder Geist der neuen Zeit. Berlin, 1995.
Wege zur ökologischen Zeitenwende. Reformalternativen … für ein zukunftsfähiges Kultursystem / mit F. Alt und M. Ferst. Berlin, 2002.
Denker, Reformator, Homo politicus. Nachgelassene Texte, Vorlesungen, Aufsätze, Reden und Interviews / hrsg. G. Herzberg. Berlin, 2007.
Фриман К. Осуждение Рудольфа Баро. Судьба марксистского теоретика в ГДР // РМ. 04.01.1979.
Йиржи П. Возможности и пути перемен в странах «реального социализма». (Размышления над книгой Рудольфа Баро «Альтернатива»). [Пер. статьи: J. Bahro’s ideas on changes in Eastern Europe // Antworten auf Bahros Herausforderung des «realen Sozialismus»] // ПВЕ. 1981. № 1; То же на нем.: Antworten auf Bahros Herausforderung des «realen Sozialismus» / hrsg. U. Wolter. Berlin, 1978.
Rudolf Bahro. Eine Dokumentation. Köln; Frankfurt, 1977.
Solidarität mit Rudolf Bahro / hrsg. H. Schwenger. Reinbek, 1978.
Woods R. East German Intellectuals in Opposition // Survey. 1984. № 3.
Scruton R. Thinkers of the New Left. Harlow, 1985.