Взаимодействие с природным окружением оставалось важнейшей особенностью традиционной архитектуры. В начале XVII в. был возведён один из самых красивых ансамблей японского позднего средневековья — загородный императорский дворец Кацура близ Киото. Главное здание состояло из трёх частей, углами примыкающих друг к другу и образующих в плане зигзаг. Сооружение свободно располагалось среди естественного ландшафта, как бы сливаясь с ним. Когда стены дворца раздвигались, человек оказывался в непосредственной близости с природой. Это позволяло любоваться ею во все времена года. Внутри императорского дворца отсутствовали пышные украшения, яркие росписи. Художник тем самым подчёркивал простую красоту и изысканность сочетаний материалов — дерева опор и балок, бумаги окон и стен, соломенных циновок на полу. Устройство жилья соответствовало вкусам и законам так называемого «чайного культа», получившего распространение ещё в конце XV в. и оказавшего огромное влияние на архитектуру, живопись, декоративные виды искусства (особенно керамику) и искусство составления букетов.
В 1639 г. при сёгунах Токугава иностранным судам, кроме китайских, было запрещено заходить в порты Японии (вплоть до 1854 г.). Лишь немногим голландцам разрешили поселиться на крохотном искусственном острове в гавани Нагасаки, где они жили под строгим надзором. «Закрытие» Японии привело к отставанию в науке и культуре. Однако колонизация страны была предотвращена, что обеспечило японцам мирную жизнь на протяжении 250 лет.
Главной особенностью японского позднего средневековья (XVII–XIX вв.) стал расцвет городской культуры.