Отдельные помещения усыпальницы передавались в пользование различным государственным предприятиям и клубам. Так, верхнюю церковь усыпальницы заняло отделение геодезических съемок института Гипрогор, а Духовской церкви пришлось в течение нескольких сменить четырех владельцев: сначала в ней устроили котельную и угольный склад организации Ленгорплодоовощ, потом она перешла к аэроклубу Осовиахима, затем – к спортивному клубу «Спартак» и наконец, незадолго до начала Великой Отечественной войны, к Кировскому заводу.
От большинства находящихся в ней надгробных плит и украшавших их скульптурных памятников, к тому времени уже ничего не осталось.
Как ни странно, реставрация Благовещенской усыпальницы началась во время войны, когда на территории Александро-Невской лавры размещался военный госпиталь.
Художники Н. М. Суетина и А. В. Васильева привели в порядок могилу Суворова, оформив ее живописными панно и флагами.
После окончания войны учреждения, занимавшие здание усыпальницы, постепенно перевели в другие места, а помещения усыпальницы отремонтировали.
Музей надгробной скульптуры был, наконец, открыт для посетителей. К находящимся в Благовещенской усыпальнице надгробиям добавились перенесенные в нее могильные памятники из Федоровской и Исидоровской церквей, а также из Лазаревской усыпальницы.
В Благовещенской усыпальнице похоронены: правительница Анна Леопольдовна, дочь А. Д. Меншикова и жена Г. Бирона А. А. Бирон, герой Отечественной войны 1812 года М. А. Милорадович, сестра Петра I царевна Наталья Алексеевна, сын Петра I, царевич Петр Петрович, жена князя Г. Г. Орлова княгиня Е. Н. Орлова, жена Иоанна V царица Прасковья Федоровна, генерал-фельдмаршал А. Г. Разумовский, генералиссимус А. В. Суворов.
Рассказывали, что когда в Александро-Невскую лавру повезли гроб с телом А. В. Суворова, его катафалк, накрытый высоким балдахином, неожиданно остановился перед лаврскими воротами: петербуржцы, провожавшие великого полководца в последний путь, испугались, что ворота окажутся слишком узкими и катафалк в них застрянет. И в этот момент один из ветеранов, участвовавший в военных походах Суворова, с уверенностью заявил: "Не бойтесь, пройдет! Он везде проходил!" В ворота катафалк действительно проехал благополучно.
В 1717 году рядом с Благовещенской церковью на территории кладбища Александро-Невской Лавры была построена каменная церковь Святого Лазаря, давшая название всему некрополю. Церковь изначально задумывалась как усыпальница, и в 1717 году в ней была похоронена сестра Петра I царевна Наталья Алексеевна, тело которой оставалось не погребенным в течение почти года, пока Петр I совершал заграничное путешествие.
Два года спустя рядом с царевной Наталией Алексеевной был похоронен царевич Петр Петрович, смерть которого подкосила царя, оставшегося без сына-наследника. Правда, сейчас родственники Петра I покоятся не в Лазаревской усыпальнице: в 1723 году их останки были перенесены в только что построенную на правом берегу Черной речки каменную Благовещенскую церковь. В Лазаревской усыпальнице были похоронены и некоторые выдающиеся деятели петровского времени. В 1719 году к церкви был пристроен даже особый притвор, в котором похоронили графа Бориса Петровича Шереметева, сподвижника Петра Великого и выдающегося полководца Северной войны.
В конце 18 века церковь была значительно расширена, а в 1835–1836 годах по проекту Л. Я. Тиблена она была практически полностью перестроена. При этом в ее основе сохранилась первая каменная постройка Александро-Невского монастыря.
Шереметевы считали Лазаревскую церковь своей родовой усыпальницей, поэтому многие представители этого знатного рода покоятся здесь. Так здесь был погребен известный своей благотворительностью граф Н. П. Шереметев. Рядом с ним покоится его супруга Прасковья Ивановна Жемчугова, бывшая крепостная актриса. Она умерла шестью годами раньше своего супруга, который устроил ей пышные похороны, на которые, правда, почти никто не пришел – высшее общество так и не приняло простолюдинку. Похороны же самого Николая Петровича, напротив, были очень скромными. Согласно его последней воле, деньги, которые должны были пойти на богатое погребение, приличное его званию и положению, были розданы нищим. Как писали газеты тех дней, на его похоронах собралась толпа бедняков в несколько тысяч человек.
В Лазаревской усыпальнице был также похоронен адмирал В. И. Ганнибал (двоюродный дед Пушкина), княгиня А. П. Гагарина, урожденная Лопухина (возлюбленная императора Павла I), адмирал и литератор А. С. Шишков, археолог Л. А. Перовский.