Летом 1390 года, вскоре после прибытия в Москву, Киприан совершает поездку в Тверь для расследования многолетней вражды между тамошним епископом Евфимием Висленем и тверским великим князем Михаилом Александровичем. В Твери Киприан был принят весьма торжественно. «И встретил внук князя великого, князь Александр, за 30 верст от града митрополита с боярами с великою честью. На другой день старший сын князя великого князь Иван встретил митрополита за 20 верст от града… И в день субботний по вечеру встретил сам князь великий митрополита за 5 верст от града с боярами с великою честию». Три дня прошли в мирских и церковных празднествах. Торжественные службы в кафедральном соборе сменялись роскошными приемами в княжеском дворце и доверительными беседами Киприана с князем Михаилом. Целью приезда Киприана было удержание Твери в сфере своего влияния. Намерению этому препятствовало, с одной стороны, стремление Ягайло подчинить себе Тверь, а с другой — распространение в городе ереси стригольников.
Последователи ереси стригольников отказывались от услуг священников, как от самозваных пастырей, поставленных на свои должности за мзду. Стригольники осуждали церковное землевладение, укоряли все духовенство в том, что оно берет поборы с живых и мертвых и ведет праздный и распутный образ жизни.
Исходя из этого стригольники делали вывод, что священнослужители вовсе не нужны и что все церковные таинства недействительны. Каяться, — говорили они, — можно и без священника, — припадая к земле. Причащение следует понимать в духовном смысле, а другие таинства и обряды вовсе не нужны.
В морали стригольники придерживались идей аскетизма и отличались строгостью жизни и почти постоянным постом. В своих религиозных рассуждениях они дошли до отрицания загробной жизни.
Понятно, что эта ересь была популярна среди простого народа. Удивительно, что в Твери стригольников поддерживал епископ. Впрочем, многие из идей стригольников были близки и митрополиту Киприану. Он тоже считал недопустимой распущенность церковников и осуждал монастырское землевладение.
Когда состоялось судебное разбирательство по жалобам, поступившим на Евфимия, Киприан не нашел оснований для отстранения Евфимия от сана. Однако «князь великий начал просить иного». Тверской князь обвинил Евфимия в каких-то особенно тяжелых преступлениях. «И была вражда и брань люта зело, и по сем много смутился Киприан митрополит и не мог вражды утолить и мира и любви сотворить».
Похоже, что Киприан стригольников не преследовал. И Евфимия еретиком он не признал. Однако под давлением тверского князя и бояр Киприан вынужден был убрать Евфимия с епископии, однако никак не стал наказывать и оставил жить при себе в Чудовом монастыре. На епископство же Киприан назначил инока Печерского монастыря Арсения. Однако Арсений как пришел из Москвы с Киприаном, так и вернулся с ним в Москву, «боясь владычество принять в Твери, видя там вражду и брань многую, и смутился и ужаснулся».
На соборе против архиепископа Евфимия выступали в первую очередь власть имущие — князь, бояре, церковники. Причем выступали они единодушно. Следовательно, Арсений мог рассчитывать на их поддержку. Однако он отказался от высокого поста, — значит не верил, что тверская знать сможет защитить его от гнева толпы. Налицо социальный конфликт между властью и простым людом, на стороне которого стоял Евфимий. Михаил Тверской пытался погасить народное недовольство при помощи авторитета митрополита. Встав на сторону Тверского князя, публично осудив как еретика и казнив Евфимия, Киприан мог бы этого добиться. Но он счел, что князь сам должен налаживать свои отношения с подданными, и не захотел приносить Евфимия в жертву политической выгоде. Вынужденный все же снять Евфимия с поста епископа, Киприан не оставил нового епископа в Твери. Для поставления Арсения в епископы ему понадобился вторичный приезд в Тверь, в сопровождении двух греческих митрополитов и четырех русских епископов.
На западе Руси в это время было неспокойно. Недовольные политикой короля Владислава-Ягайло, многие литовские князья практически начали войну против поляков и поддерживающих Ягайло литовцев. Во главе вооруженной оппозиции встал Витовт, пользующийся поддержкой немецкого Ордена и своего зятя — нового московского князя Василия Дмитриевича.
Но и Ягайло не сидел сложа руки. В 1389 году в Новгород приехал князь Симеон-Лугвений Ольгердович. Он был принят новгородцами «с честию» и за эту честь дал брату своему королю Ягайло следующую запись: «Так как господин Владислав, король польский, литовский, русский и иных земель многих господарь, поставил нас опекуном над мужами и людьми Великого Новгорода, то мы королю и Ядвиге королеве вместе с новгородцами обещались и обещаемся, пока держим Новгород в нашей опеке, быть при короне Польской и никогда не отступать от нее». Таким образом, митрополия всея Руси снова оказалась расколотой надвое.