В конце 1940 в присутствии некоторых членов Политбюро ЦК партии И.В. Сталину был доложен проект и план стратегического развертывания войск Красной Армии. «К великому нашему сожалению, — отмечал маршал А. М. Василевский, — в представлении ЦК партии этого важнейшего оперативного документа не участвовал один из основных его составителей и автор главных его идей Борис Михайлович Шапошников. Дело в том, что в августе 1940 года на должность начальника Генерального штаба вместо него был назначен генерал армии К.А. Мерецков. Таким образом, от Наркомата обороны план представляли нарком С.К. Тимошенко, новый начальник Генерального штаба К.А. Мерецков и его первый заместитель Н.Ф. Ватутин.
— О том, что предшествовало перемещению Б.М. Шапошникова, я, — продолжал А.М. Василевский, — знаю со слов Бориса Михайловича. И.В. Сталин, специально пригласивший его для этого случая, вел разговор в очень уважительной форме. После советско-финского вооруженного конфликта, сказал он, мы переместили Ворошилова и назначили наркомом Тимошенко. Относительно Финляндии вы оказались правы: обстоятельства сложились так, как предполагали вы. Но это знаем только мы. Между тем всем понятно, что нарком и начальник Генштаба трудятся сообща и вместе руководят Вооруженными Силами. Нам приходится считаться, в частности, с международным общественным мнением, особенно важным в нынешней сложной обстановке. Нас не поймут, если мы при перемещении ограничимся одним народным комиссаром. Кроме того, мир должен знать, что уроки конфликта с Финляндией полностью учтены. Это важно для того, чтобы произвести на наших врагов должное впечатление и охладить горячие головы империалистов. Официальная перестановка в руководстве как раз и преследует эту цель.
— А каково ваше мнение? — спросил Сталин.
Борис Михайлович понимал, что Коммунистическая партия и Советское правительство выразили свое отношение к его военной деятельности, присвоив ему 7 мая 1940 года высшее воинское звание Маршала Советского Союза. Будучи исключительно дисциплинированным человеком, он ответил, что готов служить на любом посту, куда его назначат».
На следующий день после начала войны, 23 июня 1941, Б.М. Шапошников постановлением Совнаркома СССР и ЦК партии был включен в состав организованного при Ставке института постоянных советников. 30 июля 1941 по предложению Сталина Б.М. Шапошников назначен начальником Генерального штаба, членом Ставки Верховного Главнокомандования. Зная дело Генштаба до тонкостей, Б.М. Шапошников быстро провел ряд организационных мероприятий, способствовавших улучшению работы этого главного рабочего органа Ставки Верховного Главнокомандования. Б.М. Шапошников непосредственно участвовал в разработке в 1941 плана Смоленского сражения, контрнаступления и общего наступления Красной Армии зимой 1941–1942. За вторую половину 1941 идо мая 1942 Б.М. Шапошников был у Верховного Главнокомандующего 98 раз. Испытывая большое уважение к Б.М. Шапошникову, И.В. Сталин называл его только по имени и отчеству — Борис Михайлович.
Долго работавший с Б.М. Шапошниковым маршал А.М. Василевский вспоминал: «Во время поездок с Шапошниковым в Кремль я имел возможность воочию убедиться, каким высоким уважением пользовался Борис Михайлович у Сталина. Работая в непосредственном контакте с Верховным Главнокомандующим, Шапошников представлял подготовленную Генштабом информацию, высказывал аргументированные предложения, на основе которых Ставка давала затем директивы. Сталин всегда с большим вниманием прислушивался к рекомендациям и мнению Бориса Михайловича. Это, конечно, отнюдь не означало, что Верховный Главнокомандующий всякий раз соглашался с ними. Как мне думается, Сталин особенно ценил Шапошникова за то, что тот никогда не приспосабливал свое суждение по рассматриваемому вопросу к мнению, которое уже складывалось в Ставке. Он умел с достоинством отстаивать свои суждения, если был убежден в их правильности.
Но Сталин знал и другое: если решение принято, Шапошников будет проводить его в жизнь со всей присущей ему энергией вне зависимости от того, совпало оно с его собственной точкой зрения или нет. Личный авторитет Шапошникова, безусловно, благотворно сказывался на процессе превращения Генерального штаба в надежный рабочий орган Ставки Верховного Главнокомандования. По мере того, как разворачивались события, Сталин все больше стал придерживаться правила — принимать всякое ответственное решение по военному вопросу лишь после предварительного доклада начальника Генерального штаба».
За годы Отечественной войны Сталин вместе с Шапошниковым подписал множество оперативных документов командующим фронтами и армиями.
А когда по состоянию здоровья Б.М. Шапошников ушел из Генерального штаба, его назначили начальником Военной академии Генерального штаба. Сталин по-прежнему часто звонил ему, приглашал на заседания Государственного Комитета Обороны. Рассматривая тот или иной вопрос, Сталин неизменно говорил:
— А ну послушаем, что скажет нам шапошниковская школа!