В январе 1903 года в Киеве охранники Александра Спиридовича, бывшего офицера Зубатова, со второго раза смогли арестовать помощника Гершуни двадцатипятилетнего Михаила Мельникова. Мещанин из Селенгинска, Мельников поступил в петербургский горный институт, был из него отчислен министрами Боголеповым и Сипягиным, был отдан под надзор полиции, тут же вступил в партию эсеров и перешел на нелегальное положение. За арест Мельникова Киевское охранное отделение Спиридовича было поощрено наградами и премиями. Сам начальник отделения Спиридович писал, что Гершуни был осторожен до крайности, хотя и сам, как умелый аптекарь, отравлял пули из браунинга стрихнином. Гершуни, он же «Федор Петрович», «Брентов», «Кауфман» имел несколько паспортов и казался неуловимым. Зубатов еще в Москве ввел обязательное фотографирование и дактилоскопирование задержанных и фото руководителя Боевой Организации были разосланы по всем охранным отделениям, жандармским управлениям, пограничным пунктам. За его арест была объявлена премия в пятнадцать тысяч рублей, и это были очень большие деньги, которые в итоге сыграли свою, как всегда, мощную роль. По всей империи задерживали и с трудом отпускали похожих на Гершуни людей. Зубатову удалось арестовать одну из членов Боевой организации Людмилу Ременникову с товарищами, но она никого не выдала и на суде, как писали эсеровские листовки «держалась стойко и мужественно». В конце марта 1903 года империю потрясла Златоустовская бойня, виновной в которой был очередной безнаказанный губернатор.
Пять тысяч рабочих Златоустовского казенного оружейного завода получили новые расчетные книжки, по которым они были лишены нескольких льгот, которыми они постоянно пользовались раньше. Они вернули книжки, потребовали сохранить льготы и ограничить рабочий день восемью часами при трехсменной работе. Рабочие потребовали предоставить им право совместно с администрацией участвовать в составлении правил внутреннего распорядка.
10 марта завод в Златоусте рано утром окружили войска и рабочих туда не пустили. Уфимский губернатор Н. Богданович предложил рабочим выбрать делегатов для переговоров с ним, тут же их нагло арестовал и отправил в тюрьму. Пять тысяч рабочих возмутились и потребовали выпустить своих товарищей. Ни секунды не раздумывая губернатор дал приказ открыть огонь по толпе. Было убито 69 и ранено 250 человек, среди которых были женщины и дети. Само собой, массовое убийство по имперской традиции сошло Богдановскому с рук, но Центральный комитет эсеров за рабочий расстрел приговорил его к смерти. В Уфу выехал Гершуни с группой и за полтора месяца подготовил убийство губернатора. Стрелять должен был слесарь уфимских железнодорожных мастерских Егор Дулебов.
6 мая 1903 года действительный статский советник и уфимский губернатор Николай Богданович гулял в городском саду, как всегда с идущей за ним охраной. Вдруг откуда-то из боковой аллеи вывернулся мужчина с браунингом и пятью выстрелами застрелил губернатора. Охрана бросилась на боевика, который бросился бежать в заросли, и тут же нарвалась на заградительный огонь прикрывавших Дулебова товарищей, бивший каждый из двух револьверов. Охранники умирать не захотели и группа Боевой Организации успешно покинула не только городской сад, но и Уфу, в которую выехали лучшие офицеры Зубатова. Это было поздно и бесполезно, потому что в этот раз Гершуни не оставил ни каких следов.
В мае 1903 года имперское общество читало «Приговор Боевой Организации Партии социалистов-революционеров», который Дулебов успел бросить на труп застреленного им губернатора: «Боевая Организация социалистов-революционеров выполняя лежащий на ней гражданский долг, считает себя вынужденной приговорить виновника зверских расправ над златоустовскими рабочими уфимского губернатора Н. Богдановича к смерти. Приговор привести в исполнение поручается членам Боевой Организации. 27 марта 1903 года. Санкт-Петербург».
Новый, 24-й номер эсеровской газеты «Революционная Россия», уже как обычно тысячами экземпляров расходилась по империи и общество читало в нем программную статью «Террор и массовое движение»: «Новый террористический акт, исходящий от Боевой Организации Партии социалистов-революционеров, побуждает нас сделать еще раз, и вероятно не в последний раз, разъяснение о терроре в нашей программе, ответив на некоторые возражения, упорно выдвигаемые против употребления террористических средств в борьбе с самодержавием. Считая применение террора неизбежным и целесообразным, наша партия в то же время полагает, что террор должен быть, да и не может не быть, лишь одним из вспомогательных средств борьбы. Он должен находиться под контролем партийной организации, а террористические акты должны иметь, возможно, более тесную связь с массовым движением, опираться на нужды этого движения и дополнять его, а также, в сою очередь, давать толчок проявлениям массовой борьбы, возбуждать революционное настроение в массах».