Гершуни планировал уехать за границу, предварительно распорядившись делами Боевой Организации в ее штаб-квартире в Киеве. Зубатов делал все, что мог и не мог, чтобы разгромить эсеровских боевиков и, благодаря Азефу, ему многое удалось. Гершуни готовил акции в тех городах, где не было охранных отделений. Боевики ничего не готовили в двух столицах империи, а все важнейшие предприятия готовили только в провинции. Боевики к Гершуни набирались только через представителя Боевой Организации за границей Михаила Гоца. Оттуда, организовав все необходимое для покушения, группа боевиков Гершуни совершала налет на свою жертву. Зубатов создавал и создавал охранные отделения в империи, но городов в ней было больше, чем у него охранников. Зубатов пообещал Плеве поймать Гершуни, но не знал, что у него оставалось совсем немного времени.
Хозяева фабрик, заводов и мастерских активно жаловались на рабочие союзы Зубатова царю, Витте и Плеве. Им нужен был только повод, чтобы разогнать профсоюзы, мешавшие предпринимателям забирать у рабочих четыре из пяти заработанных ими рублей. В январе 1903 года Витте направил Плеве письмо, по которому ответственность за рабочие союзы возлагалась на министра внутренних дел, и Плеве заволновался за свое место. На всякий случай он поручил своему экономическому советнику подготовить заключение о рабочей деятельности Зубатова, и получил то, что хотел: «Зубатовщина всюду внесла страшную деморализацию. Не пройдет и двух-трех лет – рабочий вопрос вырвется на улицу, и произойдет столкновение, последствия которого ни кто учесть не в состоянии». Плеве хода давать документу до времени не стал, но резолюцию на всякий случай наложил: «Я и сам теперь вижу, что было преждевременно вызывать такое движение среди русских рабочих».
Лишившийся покровителя Зубатов попытался договориться с Витте. В феврале 1903 года он организовал визит рабочей делегации к министру финансов с просьбой разрешить массовое создание больничных и сберегательных касс на предприятиях, но Витте им отказал, и вообще возразил против создания любых рабочих союзов, сославшись на мнение особой правительственной комиссии Оболенского, созданной для разбирательства рабочей проблемы: «Под влиянием усиленной тайной пропаганды в рабочей среде в промышленных центрах быстро и широко развиваются революционные организации. Кассы взаимопомощи поддерживают деятельность стачек. Это движение носит уже не политический, а экономический и бытовой характер и поддерживается московской администрацией». Комиссия сознательно пошла на подлог заявив, что в забастовках участвуют четыре рабочих из пяти.
Плеве поддержал Витте, что деятельность зубатовских рабочих организаций не соответствует закону. Одновременно он принимал рабочие делегации и хвалил их деятельность.
В апреле 1903 года рабочие передали Витте «Почтительнейшее прошение рабочих по организации полезных учреждений для петербургского фабрично-заводского люда и их мысли на районных собраниях, разрешенных санкт-петербургским градоначальником». Витте, которому подчинялась фабрично-заводская инспекция, на обращения рабочих не реагировал и на уступки им не шел. Это была большая ошибка, приближавшая революцию. Один из зубатовских рабочих на большом собрании заявил: «Поддержка рабочих в их материальных нуждах составила бы лучшее опровержение злонамеренной пропаганды в их среде». Зимний дворец не обращал внимание не только на проблемы рабочих, но и на беды крестьян, среди которых стали ходить упорные слухи: «Двух министров убили, а когда всех перебьют, тогда нам и землю разделят». Зимний был глух и слеп, но совсем по-другому вели себя эсеры и социал-демократы.
Ближайший помощник министра внутренних дел писал о работе Плеве: «Угрозы и милости перемешивались и поэтому угрозы не пугали, а милости не вызывали благодарности. Что запрещалось сегодня, то разрешалось завтра. Что отвергалось сейчас, в следующий момент одобрялось. Престиж правительства быстро падал». Соратник Зубатова в рабочих делах Лев Тихомиров писал о Плеве: «многие лица, преданные государю и России, предлагали ему свои силы. Он всех слушал, всем лгал, всех морочил. Постепенно всех честных людей устранил, сам только душил и больше ничего. Россия действительно нуждается в глубоких улучшениях жизни. Он же не хотел ничего делать».
Плеве беспокоился не об империи, а о сохранении своего министерского поста. Он был просто сановником, а совсем не политиком. Он заявлял: «Как только вы начинаете рассуждать не об экономике, а о самодержавии – я перестаю быть министром внутренних дел, и становлюсь только шефом жандармов.