Помимо всего прочего, доктор Келлог вскоре стал высказывать еретические, с точки зрения адвентистских авторитетов, взгляды, начав исповедовать и пропагандировать, по мнению этих же авторитетов, пантеистические взгляды. Эллен Уайт относилась к числу этих авторитетов и, зная о взглядах Келлога, считая их вредным для дела адвентизма пантеизмом, пыталась убедить Келлога отказаться от них. Однако последний не последовал призыву Уайт и вскоре развил свои взгляды в своей книге «Живой храм». Из-за того, что ее содержание было пронизано пантеизмом, хотя и было посвящено медицинским проблемам, Церковь отказалась от ее издания и распространения. Тогда Келлог в частном порядке издал свое сочинение. У него даже нашлись сторонники из числа адвентистов, так что проблема Келлога даже обсуждалась на одном из заседаний осеннего созыва Генеральной Конференции 1903 года. После длительных дебатов, длившихся целый день, только благодаря усилиям Эллен Уайт позиция и взгляды Келлога были осуждены и также было запрещено распространять и продавать сочинения «Живой храм» членами Церкви. Осуждены были и действия Келлога по изъятию некоторых медицинских учреждений из собственности Церкви.
Большую роль в осуждении взглядов и учения Келлога сыграл тогда также и тогдашний президент Генеральной Конференции А. Дж. Даниельс, который поддержал Э. Уайт и против которого плел интриги, с целью занятия его кресла, сам Келлог. Разногласия Церкви с Келлогом длились годами, вплоть до 1905 г., т. е. почти два десятилетия, и значительно осложнили развитие Церкви, ее учреждений в это время.
Были услышаны в это время и постоянные призывы Эллен Уайт к административному реструктурированию церкви. Попытки реорганизовать церковь, ее управление предпринимались неоднократно в конце XIX – начале ХХ вв., пока в конце концов не сложилась та структура Церкви адвентистов седьмого дня, которая существует и по сей день. Вопросы организации и реорганизации Церкви заслушивались почти на каждой очередной сессии Генеральной Конференции.230
Еще в 1887 г. делегаты Генеральной Конференции, осознав резко возросший объем работы, обрушившийся на президента Конференции, ввели должность секретарей для работы с документами, курирующих такие важные направления деятельности Церкви, как образование, внутренние миссии и внешние миссии. В 1888 г. исполком Генеральной Конференции разделил США и Канаду на 6 округов, поставив во главе каждого одного из членов комитета для управления округом. Были созданы Восточный, Южный, Центральный, Юго-Западный округ Тихо-Океанского побережья Америки. В 1893 г. на сессии Генеральной Конференции ее очередной президент Олсен заявил, что в Церкви сложилось мнение, что сложность структуры адвентистской организации затрудняет ее эффективную работу и предложил ликвидировать некоторые ее административные подразделения. К тому времени в управленческий этаж адвентистской организационной структуры входили такие самостоятельные административные единицы, как: существовавшая с 1879 г. Ассоциация американского здоровья (правильного образа жизни) и воздержания (Temperance); Управление зарубежных миссий (с 1889 г.); Международное трактатное и миссионерское общество (с 1874 г.); Национальная ассоциация религиозной свободы (с 1889 г.); Общество образования адвентистов седьмого дня (с 1873 г.); юридический Отдел управления Колледжем в Баттл-Крике; Адвентистское издательство (с 1861 г.); журналистское предприятие «Ревью энд Херальд»; Ассоциация Генеральной Конференции (с 1887 г.) – юридическая корпорация, владеющая и управляющая собственностью Церкви. Однако усилия Олсена ни к чему не привели: на сессии Генеральной Конференции 1893 г. не была ликвидирована ни одна из перечисленных выше единиц; напротив, к ним добавилась новая – Ассоциация Медицинских миссий и благотворительности, во главе которой встал избранный большинством голосов уже упоминавшийся доктор Келлог.