Проводились по инициативе того же Олсена экперименты по совершенствованию регионально-территориального деления адвентистских организаций с целью придания им большей самостоятельности и активности в вопросах евангелизации, образования, медицины и пропаганды здорового образа жизни. Так, Олсен попытался оформить региональный дивизион как группу нескольких локальных конференций в одно целое, которое должно было, по мнению Олсена, служить промежуточным звеном между Генеральной Конференцией и конференциями штатов. Эти новые региональные (district) конференции должны были координировать работу различных адвентистских ассоциаций внутри региона, управлять собственностью Церкви на территории этого региона, проводить промежуточные, раз в два года, конференции в промежутках между сессиями Генеральной Конференции, которая также проходила раз в два года, и выбирать делегатов на последнюю. Примером для этого эксперимента послужил опыт управления церковью под руководством Елены Уайт в Новой Зеландии и Австралии, а также в Западной Европе. Завершились эти эксперименты в 1901 г. на очередной сессии Генеральной Конференции. Накануне открытия этой Конференции все адвентистские лидеры пришли к единому мнению, что именно вопросы организационной структуры и управления церковью должны стать главным предметом на этой Сессии. Было принято решение настоятельно просить Эллен Уайт присутствовать в виду ее постоянного призыва к реорганизации адвентистской структуры. За день до открытия Генеральной Конференции, недавно вернувшаяся из Австралии Эллен Уайт, собрала на совещание всех руководителей Церкви, на котором она охарактеризовала главные трудности, с которыми столкнулась церковь, высказал при этом свой взгляд на необходимость ее реорганизации. В частности, она подчеркнула недостаточность поддержки зарубежных миссий, их зависимость от решений, принимавшихся в далеком Баттл-Крике, руководство которого нередко плохо разбиралось в делах на местах.
В соответствии с рекомендациями Эллен Уайт на открывшейся сессии Генеральной Конференции 1901 г. было принято решение об организации Униона – объединения местных конференций. Руководство ими было возложено на местные административные органы, которые тем самым получали реальную возможность влиять на жизнь Церкви на местах, в том числе получили право самостоятельно принимать безотлагательные решения по всему спектру местных вопросов и проблем, не дожидаясь санкции центральных органов в Баттл-Крике. Это в значительной степени повышало их действенность сравнительно со старой системой управления. За Генеральной Конференцией оставалась прерогатива принятия решений по важнейшим проблемам мирового масштаба, планирования тактики и стратегии деятельности Церкви в планетарном размере, теологического характера и т.д.231
Нововведением этой Генеральной Конференции был отказ от избрания президента Конференции и передача властных полномочий не в руки одного лица, а исполнительного комитета, состоящего из 25 человек, избираемого всеми делегатами Конференции. Эта мера, по мнению адвентистских историков, оказалась в будущем неэффективной и даже принесла целый ряд осложнений. В 1901 же году, когда был впервые избран этот комитет, все его 25 членов единогласно провозгласили своим председателем Артура Дж. Дэниеллса, которому в то время был сорок один год и который находился в расцвете сил. Это был прирожденный администратор, талантливый и независимый мыслитель – так его характеризуют в адвентистской литературе по истории Церкви. Приступив к практической деятельности, Дэниеллс вскоре столкнулся с чисто юридическими проблемами, не имея президентского статуса, и вынужден был даже по сути нарушить волю последней Конференции, не избравшей на этот раз своего президента, подписываясь на официальных документах Церкви как президент. Позднее, через 2 года, в 1903 г. на очередной сессии Генеральной Конференции его действия были одобрены и ратифицированы, а делегаты Конференции проголосовали за восстановление института президента Конференции, которым и стал все тот же Даниэллс. Однако не все с этим согласились. Некоторые ведущие члены Церкви вроде Келлога, Ваггонера, Джонса и других не согласились с такого рода решениями Конференции. Лидером данной оппозиции решением Генеральной Конференции 1903 г. стал Алонзо Т. Джонс, администратор вначале одной из региональных, а затем – Генеральной Конференции. Впервые он выступил 4 марта 1906 г.. на празднике Скинии в Баттл-Крике с оппозиционной речью, направленной против, как он считал, узурпации Даниэллсом президентских полномочий и решений о президентстве предыдущих Конференций. Позднее эта речь была опубликована в виде брошюры под названием «Немного истории, немного опыта и несколько фактов».