Композиция Фатих-джами следует образцу мечетей Юч Шерефели и Эйюп и состоит из купольного зала и предваряющего его большего по площади двора; два минарета фиксировали северные углы зала. Молитвенный зал реконструируется как вытянутый вдоль стены киблы и разделенный на 12 модульных квадратных ячеек. Шесть ячеек, образующих боковые продольные нефы (по три в каждом), перекрыты куполами на парусах; два модульных квадрата, примыкающие к стене киблы, образуют единую михрабную ячейку, перекрытую полукуполом; остальная часть зала отведена подкупольному квадрату. Таким образом, конструкция мечети Фатих должна повторять Эйюп-джами – центральный купол по продольной оси передает распор на михрабный полукупол и портик дворового фасада (глубокий портал выполняет функцию дополнительного контрфорса), а в поперечном направлении – на купольные боковые нефы, отраженные на гравюре М. Лорка и на миниатюре из собрания Кёпрюлю28. Можно говорить о том, что в Фатих-джами оказались совмещены поперечная конструкция Юч Шерефели (большой центральный купол с четырьмя малыми угловыми) и продольная конструкция Эйюп (купол + полукупол); в этом случае трудно представить, чтобы южные угловые ячейки были перекрыты иначе, чем остальные части боковых нефов. Снаружи возникал многокупольный объем с плавным переходом огромного центрального купола в южный полукупол (эта плавность на гравюре Лорка подчеркнута контрфорсами барабана), с перекличкой очертаний и форм, которая станет неотъемлемой составляющей образа «большой османской мечети».
Идея «совмещения» в Фатих-джами конструкций двух ее предшественниц подтверждается еще и неравномерным расчленением интерьера: если для опоры подпружных арок северных ячеек боковых нефов, «обрамляющих» центральный купол, архитектору29 было достаточно колонн (скорее всего – сполий, взятых из византийского храма), то южная пара опор должна была принимать на себя и купол, и полукупол, поэтому на реконструкциях эти опоры выглядят крещатыми столбами, иногда увеличенными в поперечном направлении. Такие столбы должны были зрительно «отсекать» южные угловые ячейки, подчеркивая доминанту подкупольной части молитвенного зала.
А. Куран отнес «первую Фатих-джами» к подтипу
Кроме того, обособленность данной, пусть и весьма немногочисленной, группы памятников заметна на фоне других мечетей Стамбула, появившихся вскоре после падения Византии. Очевидным следствием исламского завоевания стало обращение в мечети византийских храмов31, но очень быстро в Городе появились и новые здания квартальных мечетей. Наряду с султанским заказом в обеспечении нужд мусульманской общины активное участие приняли и высшие османские чиновники, и именно архитектурный патронат «вельможных мечетей» ярко оттеняет исключительность зданий, заложенных самим султаном.