Однако уже в следующем году военное счастье отвернулось от Ганнибала. Летом страшная эпидемия чумы в Сицилии, по свидетельству Ливия, унесла в могилы тридцать четыре тысячи карфагенян, после чего Сицилию окрестили «Островом костей». Надежды на помощь Филиппа рухнули: посланный им флот (двести кораблей) был почти целиком уничтожен. А еще год спустя римлянам удалось без особого труда взять приступом обессиленные чумой и осадой Сиракузы (при этом погиб механик Архимед, приходившийся Гиерону родичем) . Почти одновременно с Сиракузами пала Капуя. Все вчерашние союзники Ганнибала склонили головы перед Римом. 19 октября 202 года до н. э. римляне разгромили карфагенскую армию на ее территории - у города Зама, в ста километрах к югу от Карфагена. Римлянам помог конницей Масинисса, успевший к тому времени усомниться в непобедимости карфагенян. Год спустя был подписан мир. Из столицы большой державы Карфаген фактически превратился в полис. У него больше не было заморских владений, армии, военного флота (кроме двенадцати триер для береговой охраны), боевых слонов. Африканские владения со всем имуществом были подарены Масиниссе. Этот хитрый царек получил так много, что, по словам Страбона, «приучил кочевников к гражданской жизни, сделал их земледельцами и научил военному делу вместо занятия разбоем».
Филиппу удалось выйти из войны без особых потерь. Его союз с Ганнибалом остался на бумаге, а новый флот, построенный в 203-202 годах до н. э. и укомплектованный в основном легкими лембами, пригодился ему самому для завоевания морского владычества в Эгейском и Мраморном морях. Во всяком случае, он сыграл определяющую роль при захвате Фасоса и принес македонянам победу над союзным этолийско-родосско-пергамским флотом в сражении у Милета. Но Филипп не знал еще, что эта победа была случайностью: чуть раньше объединенный флот одолел эскадру Филиппа у Хиоса, и от этого поражения он никогда уже не сумел оправиться.
В конце лета 201 года до н. э. в Рим отправились послы Пергама и Родоса с жалобой на Филиппа, использовавшего флотилии критских пиратов, фактически блокировавших родосскую торговлю. Чаша терпения родосцев переполнилась, когда один из агентов Филиппа каким-то чудом проник на родосскую верфь и поджег ее, уничтожив тринадцать триер. Римляне раздумывали. Но полгода спустя, когда Афины объявили войну Македонии, сенаторы сочли момент благоприятным и ультимативно потребовали у Филиппа возврата всех его приобретений и прекращения войны. Высокомерная позиция Антигонида привела его к полному разгрому на море.
Единственно реальной силой в восточном Средиземноморье стал Родос, и он не замедлил этим воспользоваться, создав под своей эгидой новую Островную лигу, чтобы очистить воды от разбойников. Одной из превентивных мер в этом направлении был приказ родосского наварха Эпикрата о запрете собирать эскадры в гавани Делоса для пиратских рейдов. Еще раньше, в 250 году до н. э., постановление о неприкосновенности Делоса приняли этолийцы.
Но время было упущено, благодаря постоянным политическим дрязгам на всех морях вспыхнула настоящая эпидемия пиратства.
В Адриатике была создана огромная разбойничья конфедерация со столицей в Ризоне, еще помнившем щедрые раздачи Тевты. Иллирийские пираты даже ввязались было в римско-македонские войны на стороне сына и преемника Филиппа - Персея, но в битве при Пидне почти весь их флот оказался уничтоженным и плененным.
Почувствовав слабость южных соседей, на морскую арену выступили пираты Далматии, превратившие в кровавую пустыню все междуречье Неретвы и Цетины и вынудившие римлян четырежды высылать против них карательные экспедиции - в 156, 155, 135 и 119 годах до н. э. Предпоследняя экспедиция заставила пиратов ретироваться в глубь страны, в бесплодные горные долины. Но со временем они вернулись. Изгнать их вновь оказалось задачей нешуточной: их базы были сделаны так добротно, что эти штурмы стоили римлянам немало крови, но впоследствии римские гарнизоны не раз поминали строителей добрым словом.
По обе стороны Корсики и к северу от нее, под самым носом у римлян, бесчинствовали лигурийские пираты, совершенно парализовавшие торговлю между Италией и долиной Роны и опустошившие побережье от Апеннинских Альп до Стойхадских островов, где массалийские гарнизоны несколько веков отважно сдерживали пиратский натиск на запад. Однако ко II веку до н. э. набеги лигуров стали до того невыносимыми, что массалиоты вынуждены были обратиться за поддержкой к союзному с ними Риму, не меньше их заинтересованному в безопасности своих северных и западных провинций. Так продолжалось до 123 года до н. э., когда консул Квинт Метелл обеспечил массалиотам тыл, захватив Балеарские острова и очистив их от пиратов. Этому событию придавали такое значение, что Метелл получил добавку к имени - «Балеарик».