Перепись 1897 года насчитала в Средней Азии 12 729 бухарских евреев (0‚16 % от всего населения), из них в Бухаре – 727 евреев, в Хиве – 8. В том же году еврейский торговый дом «Бр. Шлосберг» попросил разрешения приобрести земельный участок для строительства хлопкоочистительных заводов. Туркестанский генерал-губернатор не соглашался, «так как состав этой фирмы состоит из евреев»; дело рассматривалось в Петербурге, и военный министр начертал следующую резолюцию: «Секретно. Отказать самым решительным образом. Сообщить секретно недавнее указание государя императора относительно вреда евреев в Средней Азии».
Николай II распорядился «оградить» районы Средней Азии от «вредной деятельности» евреев, и оттуда стали высылать ашкеназских евреев, у которых не было права жительства вне черты оседлости. В Ташкенте и Коканде проводили ночные облавы для их выявления; изгоняли и бухарских евреев, которые не могли доказать, что их предки жили в городе до его завоевания Россией. В 1904 году выдворение в черту оседлости временно прекратили; началась русско-японская война, евреев призывали в армию, и было несвоевременно выселять из Туркестана членов их семей. Однако из Петербурга потребовали, чтобы каждый еврей, подлежащий выселению, предоставил подтверждение местных властей, что он «не вызывает неудовольствия со стороны населения, среди которого проживает».
В 1909 году группа московских купцов и фабрикантов подала прошение министру торговли и промышленности с просьбой не выселять из Москвы бухарских евреев. «Необходимо принять во внимание, – сообщали они, – что оно (выселение) является весьма вредным и для интересов русской промышленности, московского фабричного района в особенности. Мы лишаемся отличных знатоков местных рынков, честных и деятельных агентов, завоевавших для русской мануфактурной промышленности один рынок Средней Азии за другим…»
В 1911 году русский чиновник докладывал из Ташкента: «Туземцы просят о выселении евреев куда-нибудь в горы на свободные земли… Когда происходили в России еврейские погромы‚ то они (туземцы) явились к начальнику Кокандского уезда с просьбой разрешить «вырезать евреев». Народ этот – дисциплинированный ханами‚ дисциплина сдерживает его от выступлений без ведома властей. Но если эта дисциплина ослабнет‚ то евреям придется плохо: ханы приучили народ к свирепости‚ они вырезывали сотнями и тысячами».
В конце девятнадцатого – начале двадцатого века около полутора тысяч бухарских евреев переселились в Иерусалим и образовали там «Бухарский квартал». У них были две синагоги и две школы; в Иерусалиме печатали книги на еврейско-таджикском языке и посылали их в Бухару. К началу 1970-х годов насчитывалось в Средней Азии около 35 000 бухарских евреев‚ многие из них переехали в Израиль.