После смены руководства МГБ СССР в мае 1946 г. (отставки В.Н. Меркулова и назначения министром бывшего начальника ГУКР «Смерш» B.C. Абакумова) в руководстве аппарата органов госбезопасности в Москве и на местах произошли изменения. Из чекистов-евреев были смещены со своих постов начальник Секретариата МГБ полковник А.И. Коссой (июнь 1946 г.), начальник Транспортного управления МГБ генерал-лейтенант С.Р. Мильштейн (снят с должности и уволен из органов МГБ в ноябре 1947 г., будучи, как выдвиженец Берия, в плохих отношениях с Абакумовым), продолжали работать заместители начальников управлений генералы Л.Ф. Райхман (2-е Главное управление, руководил борьбой с националистическими вооруженными формированиями в Литве и на Западной Украине), И.И. Илюшин (5-е управление), генерал-лейтенант И.Я. Бабич (3-е ГУ — военная контрразведка), еще один сослуживец Абакумова по «Смершу» генерал-лейтенант Михаил Ильич Белкин был назначен в июне'1946 г. заместителем начальника 1-го главного управления (разведка) по Балканам (после объединения военной и внешней разведок во вновь созданном Комитете информации при Совете министров СССР возглавил Управление контрразведки Центральной группы войск в Центральной и Восточной Европе, с 1950 г. — заместитель начальника 1-го управления МГБ — внешней контрразведки), возглавили созданные в 1946 г. отделы полковники Арон Моисеевич Панкин (отдел «Д», экпертиза и изготовление документов) и Владимир Михайлович Блиндерман (отдел «Р» — радиоконтрразведка), генерал-лейтенанта П.А. Судоплатова в отделе «ДР» (диверсионно-террористическом, с сентября 1950 г. — Бюро № 1 МГБ СССР по диверсионной работе за границей) замещал генерал-майор Н.И. Эйтингон (выезжавший в длительные спецкомандировки как в СССР — Литву, Западную Украину, так и за рубеж — Синцзян, Венгрию, Болгарию).
Прошлые заслуги не спасают
Волна репрессий среди сотрудников МГБ, начавшаяся летом 1951 г. после смещения и ареста бывшего министра госбезопасности B.C. Абакумова, коснулась практически всех евреев-чекистов (аресты, увольнения). В отличие от «большой чистки» 1937–1938 г.г. еврейская национальность репрессируемых сотрудников МГБ была во многом причиной расправы. Фактически было объявлено политическое недоверие (со стороны Сталина и его приближенных) сотрудникам МГБ — «лицам еврейской национальности». Прошлые заслуги не принимались во внимание (как и в 1937-м). Одним из первых в июле 1951 г. был арестован заместитель начальника Следственной части МГБ полковник Л.Л. Шварцман, ставший одной из центральных фигур следствия. В октябре-ноябре были арестованы заместитель начальника 1-го управления МГБ генерал-лейтенант М.И. Белкин, заместитель начальника 2-го главного управления МГБ генерал-лейтенант Л.Ф.Райхман, заместитель началь-ника Бюро № 1 МГБ СССР генерал-майор Н.И. Эйтингон, заместитель начальника Секретариата МГБ полковник Я.М. Броверман, начальники отделов «Д» и «Р» полковники A.M. Палкин и В.М. Блиндерман, начальник подразделения по разработку техники радиосвязи инженер-полковник Е. Анциелович, руководитель лаборатории Отдела оперативной техники МГБ СССР полковник г. М. Майрановский, заместитель начальника отдела «К» 2-го Главного управления МГБ подполковник А.Я. Свердлов (сын председателя ВЦИК и секретаря ЦК РКП(б) Якова Михайловича Свердлова, ранее уже 2 раза арестовывавшийся, в 1935 и 1938 г.г. по обвинению в участии в молодежных антисоветских организациях), в его квартире нашли «несколько ампул сильнодействующего яда, взрывные устройства с часовыми механизмами, замаскированные в шкатулку, коробку духов, пресс-папье, 5 пистолетов разных калибров, автомат, пару винтовок, патроны, гранаты». По показаниям Свердлова, «это оружие было получено им в 1941 г., длят организации диверсионной деятельности в Москве в случае ее сдачи немцам. Свердлову поручалось руководить такой группой, а оружие ему передали по распоряжению будущего начальника спецбюро МГБ Судоплатова. В 1946 г. были предприняты меры по сбору розданного оружия, по за годы войны оно растерялось, у Судоплатова обнаружили большую недостачу сильнодействующих ядов. Сам Свердлов попытался объяснить факт наличия у него этого арсенала собственной забывчивостью и любовью к оружию».[41]
В сентябре 1952 г. следствием были получены важные показания Л.Л. Шварцмана. Под пытками «он дал показания против большинства руководителей государства и партии, карательных ведомств страны. Он, по выражению его следователей, клеветал против Кагановича и Хрущева, против Меркулова, Б.З. Кобулова (бывшего 1-го заместителя наркома госбезопасности СССР в 1943–1945 г г., близкого сотрудника Берия. — Авт.), С.С. Мамулова (заместителя министра внутренних дел СССР, бывшего начальника секретариата Берия. — Авт.) и П.М. Фитина (министра госбезопасности Казахской ССР, бывшего начальника разведки НКВД-МГБ СССР. — Авт.). Эти линии в данный момент не интересовали С.Д. Игнатьева, г. М. Маленкова и Сталина.