Общегосударственным органом финансового управления являлась гофкамера. Этот коллегиальный орган, в котором было очень сильно влияние специалистов, ведал взиманием домениальных и регальных доходов короны и стремился поставить под свой контроль финансовые камеры сеймов. Иногда гофкамере удавалось и непосредственно вторгнуться в компетенцию сословных собраний: так, чешский акциз с напитков утверждался сеймом, но собирали его чиновники гофкамеры. Здесь же разрабатывались проекты финансовых реформ, которые затем передавались на рассмотрение сословных собраний. На базе гофкамеры в 1666 г. была создана и несколько лет проработала коммерц-коллегия, в которой участвовал один из виднейших экономистов, автор меркантилистских трактатов и советник Леопольда I по вопросам экономики Иоганн Иоахим Бехер.
Управление армией и ведение военных операций находились в руках Придворного военного совета (гофкригсрата). Однако ему административно подчинялись только собственно императорские войска, нанятые на коронные доходы и экстраординарные сборы, да еще военные поселенцы на турецкой границе; сеймовые же контингенты, в военных условиях исполнявшие распоряжения имперских военачальников, в остальном подчинялись офицерам, назначенным сословиями. Радикальное расширение компетенции гофкригсрата было возможно только благодаря росту императорского войска и падению значения сеймовых контингентов.
Этот процесс действительно наметился с последней четверти XVII в. Императорская армия, еще в 1668 г. имевшая всего 14 тыс. солдат, к 1673 г. в связи с военной оккупацией Венгрии и началом войны с Францией выросла до 60 тыс. После мира 1679 г. последовало некоторое сокращение, но далеко не до прежнего уровня, однако в 1682 г. перед турецким вторжением армия снова выросла за один год с 37 тыс. до 62 тыс. человек, и этот подъем оказался уже необратимым. Многолетняя успешная война с турками, завершившаяся отвоеванием всей Венгрии, способствовала поддержанию высокой численности армии — «война кормила войну», и армейские начальники не церемонились с наложением произвольных «контрибуций». В 1703 г. имперская армия имела уже 129 тыс. солдат.
В 1681 г. из гофкригсрата выделился и вскоре приобрел полную самостоятельность генерал-кригскомиссариат, ведавший снабжением армии.
Особенностью административной истории габсбургской монархии стала ведущая роль государственных канцелярий в складывании ее центрального бюрократического аппарата. Этих канцелярий было несколько — для каждой из частей державы. Делами Священной Римской империи ведала рейхсканцелярия, австрийские земли находились в ведении гофканцелярии, существовали также Чешская и Венгерская канцелярии, с расширением габсбургских владений появились и новые Трансильванская (1693 г.), Итальянская (1713 г.), Нидерландская (1719 г.). Все они находились в Вене и осуществляли связь между центральным правительством и местными органами.
Канцелярии оказались удобной формой управления, поскольку благодаря своему качеству универсального экспедирующего органа, общего для всех советов, они соприкасались с самым разнообразным кругом вопросов и были гораздо лучше обеспечены штатами исполнителей, чем советы. Выдвижение канцелярий отражало, таким образом, рост бюрократизации управления. В особенно выгодном положении находилась гофканцелярия, управляемая с 1654 г. коллегиально гофканцлером вместе с «советом ассистентов». В ее составе имелся специальный судебный отдел, исполнявший задачи ревизионного органа, а также особые чешская и венгерская экспедиции, игравшие роль тайных кабинет-секретариатов монарха по сношениям с Чехией и Венгрией; это позволило гофканцелярии претендовать на гегемонию над Чешской и Венгерской канцеляриями, выступавшими в более официальной функции. Отразив попытки гофкамеры вмешиваться в вопросы внутреннего управления, вытеснив Тайный совет с его позиций в судебной сфере и даже постепенно присвоив себе функции Тайной конференции в сфере внешней политики, гофканцелярия к началу XVIII в. превратилась в наиболее влиятельный административный орган. По регламентам 1705 и 1720 гг. она была разделена на две большие секции, сообразно с ее новыми функциями, причем одна из них ведала внешней политикой и придворными штатами, а другая — внутренней администрацией и судейскими делами. Уже в 1742 г. первая секция стала Государственной канцелярией, после чего Тайная конференция перестала существовать, а вторая в 1749 г. была объединена с Чешской канцелярией в Директорию внутренних дел.