На эволюцию государственной надстройки указывали и другие перемены в России второй половины XVII в., имеющие отношение к сфере управления. В стареющей системе центральных органов — приказов возникает орган с необычайными функциями, выводящими его за рамки компетенции Боярской думы или какого-либо иного государственного учреждения. Речь идет о Приказе тайных дел, учреждение которого относится к 1654 г. Сущность деятельности нового приказа, согласно Котошихину, состояла в том, чтобы «его царская мысль и дела исполнились все по его хотению, а бояре б и думные люди о том ни о чем не ведали». Служащие приказа рыскали по стране и докладывали царю о состоянии умов, злоупотреблениях администраторов. «И те подьячие, — писал тот же автор, — над послы и над воеводами подсматривают и царю, приехав, сказывают». Притом Приказ тайных дел пользуется особым положением и доверием царя, «и в тот приказ бояре и думные люди не входят и дел не ведают, кроме самого царя».
Такое обособление личной канцелярии царя с функциями контрольно-полицейского характера говорило о многом. Приказ активно занимался проведением сысков не только по делам светского характера, но и по религиозным, почитавшимся особо одиозными (раскол). Важной отраслью ведения нового учреждения было личное царское хозяйство, поставленное на широкую ногу. Это также свидетельствовало о том, что происходит мобилизация материальных и денежных ресурсов короны с целью укрепления ее независимого положения. Той же цели служила финансовая политика царизма, когда казна объявила монополию на некоторые ходовые в зарубежной торговле товары (поташ, пеньку, сало и др.). Это приносило большие доходы. Есть основания считать, что так называемая «кабацкая» реформа 1652 г. (сокращение производства и продажи вина) была вовсе не актом «морального» порядка, а скорее одной из мер расширения хлебной торговли казны.
Попыткой в какой-то мере согласовать деятельность громоздкого и неслаженного аппарата центрального управления служило учреждение особого Счетного приказа, призванного координировать финансовую деятельность приказов. Известно, что почти все центральные учреждения наряду с административно-судебными функциями имели также и финансовые, отвечая за сбор налогов по территориям, группам населения или по отдельным видам налогообложения. Хотя реальных дел за Счетным приказом почти не числилось, его возникновение — симптом времени, предвосхищающий позднейшие учреждения петровского времени с общегосударственным объемом прав.
Намеком на необходимость приведения в систему обширного и разноречивого фонда летописей стало создание Записного приказа, недолго просуществовавшего и оставившего мало следов деятельности. Опять-таки осознание подобной задачи само по себе немаловажно.
Таким образом, история государственного аппарата России второй половины XVII в. позволяет говорить о назревавших переменах, имеющих ясную тенденцию перехода к абсолютизму. Столь же характерны сдвиги и в области практической деятельности царских учреждений того времени. Она все более обретает черты бюрократизации, выделения слоя приказных людей, профессионально занимающихся делами управления. Уже в московском восстании 1648 г. выявилась линия протеста против приказных дельцов — дьяков, подьячих и прочих «канцеляристов». За вторую половину XVII в. число приказных людей в Москве возросло стремительно, достигнув к 1698 г. 2750 человек против 673 человек в 1626 г. За 40—90-е годы XVII в. в местных приказных избах число служащих выросло более чем в 8 раз. Предпринимались шаги по упорядочению повседневной работы приказов, регламентации делопроизводства и распорядка дня. Было составлено расписание, в какие дни недели какие приказы «вносят» свои дела в Золотую палату для слушанья боярам. Несанкционированные в Москве земельные раздачи на местах объявлялись недействительными. Равным образом лишались законной силы сделки между дворянами, объектом которых были земельные угодья. Требовалась непременная регистрация этих сделок в приказах. Все это не шло в сравнение с петровскими преобразованиями, но робкие опыты в данном направлении осуществлялись.
К 1669 г. относится правительственное распоряжение об укреплении низшего звена местной администрации в лице выборных должностных лиц посадских и крестьянских «миров» — сотских, пятидесятских и десятских. Предписывалось ориентироваться при этом на «добрых и прожиточных» людей, т. е. на верхушку крестьянско-посадского населения. Этим развивались соответствующие меры Уложения 1649 г. Кстати, речь идет о дополнительных, «новоуказных» статьях к Уложению.