При этом особенно в первой половине XVII в. в умах некоторых мыслителей рациональные научные подходы причудливо переплетались с мистическими озарениями и верой в особые, тайные науки, с помощью которых можно познать не только видимый земной мир, но и миры невидимые, потусторонние. Примером может служить известный чешский ученый и педагог Ян Амос Коменский (1592–1670). Он принадлежал к церкви моравских братьев, ведущей свое начало от гуситов, и после начала Тридцатилетней войны вынужден был покинуть родину. Он пытался объединить бэконианскую науку с оккультными учениями древности, с так называемыми «герметическими науками», ведущими свое начало от легендарного Гермеса Трисмегиста. Приглашенный в Англию в самом начале революции, Коменский вместе с Сэмюэлем Хартлибом и его кружком, состоявшим из социальных реформаторов, ученых, инженеров, изобретателей, педагогов, работал над созданием «Невидимого Содружества» ученых, призванного облагородить человечество и способствовать его благоденствию. Работы Коменского о «Пансофии» — распространении образования, в том числе тайнознаний, и правлении элиты ученых во всем мире — были опубликованы Хартлибом в Англии и получили большую известность.
Самым выдающимся мистиком XVIII в. был, без сомнения, великий шведский ученый Эммануил Сведенборг (1688–1772). Сын лютеранского богослова и епископа, Сведенборг получил хорошее образование в Уппсальском университете; он изучал филологию, философию, математику, астрономию, рудное дело и вообще естественные науки. Он не был женат, вел уединенную благочестивую жизнь. Откровение явилось ему в 1745 г., когда ему было уже 57 лет. После легкой дрожи во всем теле он впал в транс, во время которого получил возможность общаться с духовным миром. Во вступлении к своей первой книге «Небесные тайны» сам Сведенборг свидетельствовал, что после этого первого откровения он в течение нескольких лет находился в постоянном общении с духами и ангелами, слыша их речь и говоря с ними. Он познакомился с потусторонним миром, с различного рода духами, с состоянием души после смерти, с мучениями погибших и блаженством спасенных, пребывающих на небесах; а также с тем вероучением, которое «признается во всем небе».
Свою миссию на Земле Сведенборг видел в том, чтобы убедить людей в реальности духовного мира и бессмертии души. Он полагал, что духовные истины соответствуют естественным, и поэтому Бог ввел его сначала в естественные науки и таким образом подготовил к восприятию наук духовных. После посетившего его откровения и осознания своей миссии Сведенборг отошел от академических занятий и от должностей при дворе шведского короля и всецело отдался созданию теологических трудов. Его главные работы — многотомные труды «Небесные тайны», «Объяснение Апокалипсиса», «Откровенный Апокалипсис», а также меньшие по объему: «Божественная любовь и божественная мудрость», «О небе и об аде», «Учение жизни», «Истинная христианская религия» и др. После смерти Сведенборга его последователи образовали секту сведенборгианцев, или церкви Нового Иерусалима, которая до сих пор существует в Европе и Америке.
В целом следует сказать, что стремление к духовидению и овладению тайными науками — астрологией, алхимией, магией — являлось типичной чертой общественного сознания людей XVII и XVIII вв. Большой популярностью пользовались предсказания Нострадамуса и астролога XVII в. Уильяма Лилли. К астрологии прибегали люди, принадлежавшие к самым разным социальным слоям: короли и аристократы, политики, пуритане, анабаптисты, рантеры и квакеры. Занятия алхимией для многих были внешней попыткой достичь внутреннего просветления и очищения; поэтому процветала алхимическая медицина. Поиски философского камня связывались с поисками Нового Иерусалима, Тысячелетнего царства, в котором, как утверждали некоторые, улицы будут вымощены золотом, полученным в результате алхимических опытов. Широкое распространение получили труды Парацельса и других знатоков оккультных наук. Эти мистические учения тесно переплетались с рационализмом и эмпиризмом в науке, с озарениями народных сект и просветительским рвением ученых.