Одним из наиболее характерных феноменов этой смеси явилось масонство, активно заявившее о себе именно во второй половине XVII и особенно в XVIII в. Исследователи масонства ведут его происхождение от средневековых общин каменщиков — строителей храмов. Они владели особыми тайнами мастерства и держались всегда особняком от прочих ремесленных гильдий. Они назывались также «франкмасонами», т. е. вольными каменщиками, так как освобождались от несения караульной службы и некоторых других повинностей по отношению к городу или сеньору. Некоторая таинственность объединений каменщиков (называвшихся ложами) сделала их особенно притягательными для ученых-эрудитов, стремившихся овладеть тайнознанием. Немаловажное значение имело, по-видимому, и то обстоятельство, что легенда связывала ложи каменщиков со средневековым орденом тамплиеров, или храмовников, который был уничтожен в начале XIV в. Великий магистр ордена Жак де Моле и другие его руководители были сожжены на костре по обвинению в отречении от Христа, глумлении над церковными обрядами и поклонении дьяволу Бафомету. История же самого ордена, опять же согласно легенде, восходит к библейскому строителю Соломонова храма Хираму, или Адонираму, убитому заговорщиками в древнем Иерусалиме.
Уже в средние века в союзы франкмасонов входили, помимо строителей-ремесленников, и представители тогдашнего ученого мира, которые становились покровителями и идеологами масонских лож. Они-то, по-видимому, и разработали идею строительства не только храма из камня как места для отправления культа, но храма духовного, невидимого. Соответственно была создана и иерархия входивших в ложи — от простых каменщиков-строителей («практических масонов») до великих магистров, строивших этот второй храм усилиями своего духа. В промежутке существовало много других степеней посвящения.
В XVII в. особенно много лож насчитывалось в Англии и Шотландии. В них входили, помимо собственно каменщиков, представители дворянства, люди с мистическим складом ума и развитым воображением. Их влекло туда любопытство, интерес к таинственным ритуалам, которыми сопровождались заседания лож, мода, иногда тщеславное желание стать патроном ложи. В Эдинбургскую ложу каменщиков входил кромвелевский генерал Монк, усилия которого привели к реставрации Стюартов в Англии. «Практическим масоном» был знаменитый придворный архитектор короля Карла II Кристофер Рен, отстраивавший Лондон, в частности собор св. Павла, после разрушительного пожара 1666 г.
В начале XVIII в. масонские ложи в современном смысле слова уже преобладали над профессиональными объединениями каменщиков; но «практические масоны» по-прежиему в них входили. Был разработан сложный и таинственный ритуал посвящения, восходивший к ритуалам древних мистерий. Принимаемый в масоны подвергался множеству символических испытаний — водой, огнем, железом, страхом и самой смертью. Задачей этих испытаний было стремление вызвать у новичка ощущение, что он окончательно порывает со своей прежней жизнью и «рождается заново», чтобы стать полноправным членом (на уровне своей степени) вселенской мистической иерархии.
Первая объединенная масонская ложа, получившая название «Великая», была учреждена в Лондоне в 1717 г. В 1723 г. была опубликована «Новая книга уставов», где излагались легендарная история масонства, а также правила поведения члена ложи. Он должен был подчиняться законам морали и не быть «ни тупым атеистом, ни нечестивым распутником». Вероисповедание масонов сами они определяли как «всеобъемлющую, объединяющую людей религию, которая состоит в обязанности каждого из нас быть добрым и верным долгу, быть человеком чести и совести, каким бы именем ни называлось наше вероисповедание и какие бы религиозные догматы ни отличали нас от других людей». Это означало, что масоны готовы принять любое христианское вероисповедание и относиться друг к другу с терпимостью.
С 1726 г. английские масоны начали заниматься филантропической деятельностью. В ложи входили многие представители королевского Дома и высшей аристократии. Во второй половине XVIII в. появляются другие ложи — «Великая английская ложа старых уставов», «Священная королевская арка». Появились ложи и на континенте. Вначале они создавались якобитами — сторонниками короля Якова II, вынужденными бежать из страны после «славной революции» 1688 г. Так во Франции возникли «Ложа совершенного равенства» и «Ложа чистосердечия», а в противовес им — подчинявшаяся «Великой ложе Англии» «Ложа святого Томаса».