В то же время деизм оказал и некоторое положительное влияние на развитие христианского мировоззрения. Разумный подход к миру рассеял веру в ведовство и тайные общения с дьяволом. В первой половине XVII в. ведовские процессы проходили еще по всей Европе. Люди серьезно верили, что многие женщины и некоторые мужчины заключили договор с дьяволом и посещают его шабаши, перелетая с помощью помела или черного козла. На этих шабашах (от еврейского «шаббат» — суббота) они творят черную мессу, поклоняются самому сатане и участвуют в сексуальных оргиях. В обычной жизни они могут наслать порчу на людей или на скот, вызвать болезни, эпидемии, неурожай. По доносу подозреваемых в ведовстве хватали, под пытками вынуждали их признаться в своей связи с дьяволом, а затем отправляли на костер. Такие жестокости творили и католики, и последователи разного рода протестантских конфессий. И только в конце XVII в. под влиянием научных теорий и рационалистического подхода к религии ведовские процессы прекратились и сама вера в ведовство стала затухать.
Деизм поддерживал идею религиозной терпимости и способствовал уменьшению межконфессиональной враждебности. К концу XVIII в. в Германии нередко происходил обмен проповедниками между католической и протестантскими церквами. Всесильный некогда орден иезуитов потерял свой былой авторитет и был уничтожен. Деисты сотрудничали с ортодоксальными христианами в ряде гуманитарных исследований, в частности в изучении Библии, сверке текстов, расшифровке неясных мест в переводах. Они способствовали повышению образованности и просвещенности в обществе.
В то же время деизм привел к распространению холодного рационализма среди верующих протестантских церквей. Былые горячие споры прекратились; родилось так называемое «новое богословие», пронизанное критикой Священного Писания. Из 14 посланий апостола Павла без сомнения были оставлены только четыре (послания к Римлянам, Коринфянам и Галатам). Делались попытки согласовать учение церкви с новейшими данными науки. Центром этого нового рационалистического богословия стал Тюбингенский университет в Германии; затем оно распространилось по богословским факультетам всех европейских университетов. Новые богословы-рационалисты отрицали богодухновенность Библии и, подобно социнианам, считали истинным в ней только то, что «соответствует разуму».
Наиболее глубокий ответ деизму был дан в творениях величайшего немецкого философа Иммануила Канта (1724–1804), который пытался совместить рационализм с христианской ортодоксией. В знаменитой работе «Критика чистого разума» Кант показал, что наука и разум не могут доказать существование Бога, нравственного закона и бессмертия, ибо наука только описывает существующий физический мир. В то же время в человеческом опыте существуют понятия красоты, совесть и религиозное чувство, в реальности которых не приходится сомневаться, но которые невозможно познать научными методами. Эти врожденные понятия посеяны в душе человеческой Богом, дабы научить человека отличать добро от зла; их Кант назвал «категорическим императивом», который позволяет человеку выбирать правильные пути в этой жизни. Таким образом, Кант еще в XVIII в. показал ограниченность рационалистической науки и наивность философов-деистов.
Своего рода противовесом рационалистическому взгляду на мир, который все больше завоевывал позиции не только в светской науке и философии, но и в протестантской теологии, стал мистицизм, который проявлялся, как мы видели, в учениях и хилиастических ожиданиях народных сект. Существовали и одинокие мыслители, создавшие ряд примечательных мистических теорий и систем, на основе которых в свою очередь формировались сектантские мистические группы. Основой их богословия становились внутреннее озарение и индивидуальный духовный опыт.