Едва правительство получило вести о восстании в Пскове, как поступили тревожные сообщения из Новгорода. Там в середине марта также разразился «мятеж». Ход событий здесь очень напоминает то, что произошло во Пскове. В Новгороде также резко обозначился антагонизм между «лучшими» и «молодшими» людьми. Он вырвался наружу во время выборов на Земский собор 1648 — января 1649 г., когда каждая из партий отстаивала своих кандидатов. Известия о восстании псковичей ускорили открытое выступление в Новгороде против царской администрации и воротил торгового мира Стояновых. Эти последние весьма мало считались с воеводой. Ограничения во внутригородской торговле хлебом вызвали опасение новгородцев, что у них также возникнут трудности на почве закупок для Швеции. К тому же упорно поговаривали о возможности шведского вторжения. Когда же новгородский воевода Ф. А. Хилков в марте 1650 г. арестовал псковских челобитчиков, направлявшихся в Москву, жители Новгорода вышли из повиновения царским властям. Восставшие направились на шведский двор и арестовали агента по хлебным закупкам Эршвиллера. Инициатором выступлений был сапожник Елисей Лисица, который ходил по городской площади и кричал, что гость Семен Стоянов провозит за рубеж хлеб и мясо, а немцы «везут с Москвы многую денежную казну». На площади собралась большая толпа и двинулась в Каменный город, опрокинула караулы, и зазвучал набатный колокол. К посадским присоединились стрельцы новгородского гарнизона. Воевода укрылся на дворе митрополита Никона (будущего патриарха). Стояновы, находившиеся в родственных связях с псковскими купцами Емельяновыми, испытали вместе со своими приспешниками немалую «кручину»: восставшие разгромили их дворы. Пытавшегося скрыться С. Стоянова изловили и арестовали. Власть в Новгороде перешла к земской избе.
В отличие от псковского восстания в Новгороде большую, почти решающую роль играли стрельцы. Как и во Пскове, новгородские дворяне заняли враждебную позицию. Верхи посада также не желали поддерживать движение, а во время его подавления открыто перешли на сторону правительства. Митрополит Никон предал проклятию руководителей восстания, за что его новгородцы основательно поколотили.
На подавление восстания в Новгороде правительство послало войска под командованием князя И. Н. Хованского. Царский военачальник пообещал новгородским стрельцам полное помилование, если они прекратят мятеж и впустят его в город. Посадская и стрелецкая верхушка искала соглашения с правительством. Менее чем через месяц после начала восстания войска Хованского вступили в Новгород. Своих обещаний князь не сдержал, последовали аресты, затем казни.
Поражение восстания в Новгороде не только не привело к спаду движения в Пскове, но, напротив, вызвало там бурное развитие событий. Уже первые вести о выступлении новгородцев нашли живой отклик у псковичей. Произошли серьезные перемены в составе повстанческого руководства. Верх взяли более решительно настроенные «молодшие» люди, которых возглавили вновь избранные земские старосты Гаврила Демидов и Михаил Мошницын. Правительство, чтобы восстановить власть царской администрации в городе и уезде, решило заменить воеводу Собакина князем В. П. Львовым. Собакин и сам был не прочь покинуть мятежный город, но восставшие не позволили ему выехать из Пскова. Его рассматривали как заложника на случай, если бы в Москве что-либо случилось с посланными туда псковскими челобитчиками. Затем был низложен и новый воевода. Его принудили передать городские ключи земским старостам. Псков всецело стал управляться повстанческим органом.
Псковичи, прибывшие в Москву с челобитьем от «всего города», задали правительству нелегкую задачу. Царский фаворит Б. И. Морозов, к тому времени опять занявший главенствующее положение в правительстве, не спешил с репрессивными мерами по отношению к псковским ходатаям, тем более что челобитная содержала довольно умеренные требования. Но один пункт последних, содержащий намек на выборность административных должностей и перекликавшийся с челобитными московского восстания 1648 г., вызвал самое решительное возражение центральной власти: «Николи не бывало, что мужикам з бояры… и воеводы у росправных дел быть и вперед того не будет». Ответная царская грамота призывала псковичей принести повинную.
Но в Москве не слишком полагались на уговоры. Одновременно в Псков была направлена карательная экспедиция во главе с душителем народного новгородского восстания Хованским. Его отряд, усиленный солдатами из полков «нового строя» и казаками, в конце мая подступил к городу. Псковичи готовили ему отпор. Взять штурмом хорошо укрепленный и вооруженный город Хованский не смог.