За три месяца осады Хованский понес значительные потери. Но главная опасность для карателей состояла в том, что псковичей в их борьбе поддержали крестьяне уезда и других районов. Они выражали открытое сочувствие восставшим, поднимаясь против своих помещиков. На огромной территории от Пскова до Новгорода заполыхали помещичьи усадьбы. Наибольший размах крестьянские волнения приобрели летом 1650 г. Шла настоящая война между отрядами служилых людей и поднявшимися крестьянами. Местные дворяне и войска Хованского досаждали правительству просьбами отпустить их в оставленные на произвол судьбы имения.
Неспокойно было летом 1650 г. и в самой столице. Псковские известия будоражили умы: «Носитца-де площедная речь, будто будет на Москве грабеж». Иностранные наблюдатели отмечали возможность повторения событий 1648 г. Борьба в придворных сферах распространилась и на вопрос об отношении к восставшему Пскову. Морозову, стороннику решительных мер, пришлось уступить более умеренным, которые предлагали начать переговоры с псковичами. Умеренных поддерживал и Никон, влияние которого на царя возрастало.
Правительство сочло необходимым созвать Земский собор для обсуждения псковского вопроса. Собор открылся 4 июля 1650 г. Состоялось три заседания, последние из них — уже после «замирения» Пскова в октябре.
По решению Земского собора в Псков направили делегацию во главе с епископом Коломенским Рафаилом. Царская грамота псковичам требовала выдачи зачинщиков восстания и настаивала на том, чтобы Хованского впустили в город.
Среди делегатов, отправленных в мятежный город, находились московские посадские люди, тесно связанные с торгово-промышленной жизнью Пскова и, следовательно, небезызвестные там. В городе зрел заговор против восстания, его участники тайно сносились с Хованским. Свой план подавления выступления предложил Ордин-Нащокин, что впоследствии сыграло роль в его карьере, равно как и в карьере Пикона. План предусматривал углубить раскол среди населения города и воспользоваться этим.
Между тем псковское повстанческое правительство во главе с Г. Демидовым проводило ярко выраженную антидворянскую политику. Чтобы спасти бедноту от голода, всегородская изба реквизировала хлебные запасы дворян и пустила их в раздачу. Дворы и имущество многих дворян и богатых посадских подверглись конфискации, в том числе имущество Ф. Емельянова. Однако врагам восстания удалось добиться смещения Демидова и его помощников еще до приезда делегации Земского собора.
Когда посланцы собора во главе с Рафаилом вступили в Псков, начались переговоры. Казалось, движение стало затихать. Но 21 августа во время чтения крестоцеловальной записи в соборной церкви наметившееся соглашение едва не было сорвано. В записи содержались слова о «воровстве» псковичей, т. е. тяжкое обвинение политического характера. Присутствовавшие подняли «шум великий и многие пошли из церкви вон». Рафаилу в конечном счете удалось склонить псковичей к присяге при условии, что Хованский снимет блокаду города и отведет войска. После удовлетворения этих требований в мятежном Пскове восстанавливалась власть царской администрации. Руководители восстания Г. Демидов, И. Копыто, П. Коза и др. были брошены в тюрьму. Опасаясь нового взрыва народного протеста, правительство ограничилось высылкой их из Пскова.
Самую активную роль в подавлении псковского восстания сыграли церковники. В критические моменты движения они объявляли о «чудесах», устраивали крестные ходы, во время богослужений призывали небесные силы «укротить распри», избавить от «междоусобные брани». В домах «лучших» людей «плакали» иконы, когда повстанцы терпели неудачи или принимали антиправительственные решения. Это, несомненно, действовало на колеблющихся. Патриарх специальной окружной грамотой предписал включить в «вечный синодик» крупнейших монастырей имена «дворян, детей боярских и всяких чинов людей» из войска Хованского, убитых в боях с псковичами-«изменниками».
Падение Пскова подорвало повстанческие силы, действовавшие в прилегающих районах, но крестьянское движение не прекратилось. В Порховском и Ржевском уездах зимой 1650/51 г. крестьянские отряды нападали на помещичьи усадьбы. Был раскрыт заговор крестьян и посадских людей, намечавших возобновить восстание весной 1651 г., действуя так, «как-де и было в псковскую смуту». Здесь еще живы были традиции Первой крестьянской войны и последующих восстаний, что нашло отражение в именовании восставших крестьян «шишами». Одно из обвинений, предъявленных Г. Демидову «лучшими» людьми Пскова, состояло в том, что он «велел побивать по уездам дворян». В псковском восстании 1650 г. участвовало население «пригородов» и их округ (Гдова, Изборска, Острова, Воронина).
Псковское восстание является одной из самых примечательных страниц народной борьбы против эксплуататоров, оно отличалось более высокой организацией повстанцев, участием крестьянства и длительностью открытого противоборства с правительством и его войсками.