Следующий шаг был сделан Яковом в направлении ужесточения контроля над англиканской церковью. Он начал с того, что запретил проповеди лондонского епископа и одновременно потребовал выполнения специальных указаний к проповедям, выпущенных в 1662 г. Католические же священники пользовались полной свободой. В ответ участились нападки на католических священников прямо во время их проповедей. Суд церковной комиссии, отмененный революционными установлениями, был восстановлен королем во всем объеме его прав и полномочий. Отныне он мог не только судить клириков, но и инспектировать колледжи и университеты. В руках короля-католика и его приспешников церковный суд превратился в оружие, направленное против англикан. А в июле 1686 г. католики заняли большинство мест судей. Фактическая передача государственного аппарата в руки католиков шла быстрыми темпами. К концу этого года пять католиков были введены в Тайный совет, а правительственный комитет с их участием инспектировал работу комиссий мировых судей. В результате к январю 1687 г. почти повсеместно были сформированы новые комиссии.
Стремясь ввести веротерпимость, чтобы легализовать положение католиков в государстве, Яков II изменил политику в отношении диссентеров. Первыми это испытали на себе квакеры. Еще в 1686 г. на протяжении всего года шли процессы против приверженцев этой секты, и мера наказания определялась жестокими приговорами, а в марте 1687 г. всем квакерам было даровано общее прощение, тюрьмы раскрыли ворота перед заключенными, процессы и преследования прекратились. Некоторые анабаптисты обратились к королю с петицией, подчеркивая свое послушание и покорность, и также получили прощение. Появились целые конгрегации сектантов, где за несколько десятков шиллингов с семьи получали разрешение на свободное богослужение. Однако оставались значительные группы таких диссентеров, которые справедливо опасались, что дарованная королем свобода совести рассчитана именно на католиков, а потому отказались получать эту милость из рук короля.
Кульминацией всей кампании стала Декларация о веротерпимости, обнародованная 4 апреля 1687 г., которая официально приостанавливала действие уголовных законов против всех диссентеров, в том числе и католиков, а также отменяла Акт о присяге, принятый вигским парламентом и запрещающий католикам занимать государственные должности.
Новый поворот в политике короля поставил тори, по преимуществу англикан, перед необходимостью возглавить оппозицию. Вторая Декларация о веротерпимости от 4 мая 1688 г. была встречена единодушным протестом самых влиятельных кругов англиканского духовенства. Епископы отказались от публичного чтения ее во всех церквях Англии, как было предписано, и передали королю петицию с просьбой вообще отказаться от декларации. Характерно, что идейные аргументы англиканского протеста были заимствованы у вигской оппозиции периода «кризиса исключения». Эта петиция была перепечатана и распространена. Яков отдал приказ об аресте епископов и заключении их в Тауэр. Начался процесс по обвинению епископов в распространении направленного против короля памфлета. Однако суд присяжных Лондона оправдал епископов, и они были освобождены. Таким образом, союз короля с тори-англиканами, обеспечивший поддержку Карлу II в момент политического кризиса 1679–1681 гг., окончательно распался. Яков продолжил поиск новых союзников в деле реализации своей стратегии — обеспечить такую надежность нового парламента, которая бы гарантировала легализацию государственного переворота.
Упор был сделан на перемены на местах, прежде всего в бургах. В преобладающем большинстве малых бургов был изменен состав правящей верхушки. Список лиц, подлежащих замене, возглавила корпорация Лондона. Шесть олдерменов, включая лорда-мэра столицы, оставили свои места. За этим последовали изменения в городской ливрейной компании. Королевская администрация распространила своеобразную анкету среди членов городских корпораций об отношении к веротерпимости, ответы на которую рассматривались как условие их избрания в парламент. Неугодные ответы вели к новым чисткам в городском управлении, лишению бургов старых хартий. Массовый характер этих замен свидетельствовал о сильном недоверии к местным властям.
И все же, несмотря на смену лордов-наместников в графствах (к февралю 1688 г. 15 католиков заняли посты лордов-наместников), джентри игнорировали анкету короля о веротерпимости, отказываясь давать информацию о своей благонадежности. Если в период политического кризиса конца 70-х годов тори уступали вигам в борьбе за влияние в бургах и виги получали бесспорную поддержку на парламентских выборах, то теперь на первый план выдвинулась борьба короля с провинциальными джентри и земельной аристократией. Итак, конкретная политическая ситуация последних лет правления Якова II сделала олигархию ведущей силой в борьбе против короля, придав этой борьбе особый характер.