В середине XI в. папы начали регламентировать порядок папских выборов, чтобы предотвратить те смуты, которыми так часто сопровождались последние, чтобы обеспечить их независимость и по возможности освободиться от вмешательства римской знати и опеки немецких императоров. Николай II, избранный благодаря влиянию Гильдебранда, должен был бороться с антипапой, которого выставила против него фамилия тускуланских графов (1058), и эта борьба была кровопролитна. По окончании ее он издал на Римском соборе 1059 г. знаменитый декрет, предоставлявший право избрания папы
Его преемник Александр II был избран уже по новой системе (1061). В 1073 г. Гильдебранд, фактически управлявший церковью в течение 25 лет, был единогласно избран духовенством и народом, но, чтобы не нарушить декрета Николая II, кардиналы дали свое согласие на его избрание. Несомненно также, что Гильдебранд просил у императора Генриха IV его одобрения, но это был последний раз, когда папские выборы были поставлены в зависимость от согласия германского императора. Влияние кардиналов, облеченных отныне исключительным правом выбирать пап, естественно очень усилилось, тем более что само папство становилось преобладающей силой в христианском мире. Таким образом кардиналы, из которых каждый занимал до сих пор в церковной иерархии такое место, какое принадлежало ему в силу его сана, в XIII в. получили перевес над епископами, архиепископами и даже патриархами. В 1245 г. Иннокентий IV даровал им как знак отличия знаменитую красную шапку.
Практическое осуществление декрета Николая II вызвало вначале некоторые затруднения, особенно после смерти Григория VII и его преемника Пасхалия II. Но затем в течение полутора веков с лишним папские выборы производились по этой системе. К несчастью, Николай II не предусмотрел того случая, когда кардиналы разделятся и произведут двойные выборы: стоило лишь меньшинству не уступить, и раскол был неизбежен. Именно такой случай произошел в 1130 г., когда одновременно были выбраны Иннокентий II, признанный Францией, Англией и Германией, и антипапа Анаклет II, который сумел привлечь на свою сторону Рим, Сицилию и Шотландию. Раскол продолжался восемь лет. В 1159 г. меньшинство священной коллегии противопоставило правильно избранному Александру III антипапу Виктора IV. Фридрих Барбаросса, воевавший тогда с курией, поспешил поддержать Виктора IV, тогда как законный папа постепенно был признан остальными христианскими государствами. Мир был восстановлен лишь в 1177 г. Собравшийся вскоре после этого (1179) Третий Вселенский собор в Латеране решил дополнить декрет Николая II, чтобы предотвратить возможность новых расколов. С этой целью он издал канон «Licet de vitanda», который постановлял, что папой должен быть признан лишь тот, кто получит две трети всего числа голосов; всякий же другой, кто присвоит себе этот сан, подлежит отлучению.