Так как дело обращения не продвигалось вперед, то Иннокентий III, убедившись в недействительности мирных средств, решил прибегнуть к силе; к этому побудило его еще и следующее обстоятельство. В 1207 г. Петр де Кастельно потребовал от тулузского графа, чтобы он вернул церквам то, что отнял у них; Раймонд VI отказался и был за это отлучен от церкви. В раздражении он — как некогда Генрих II по отношению к Фоме Бекету — неосторожно выразил желание быть отомщенным. Один из его рыцарей тотчас погнался за легатом, настиг его в Сен-Жилле (близ Арля) и убил его ударом кинжала (январь 1208 г.). Это убийство было сигналом к Крестовому походу. Иннокентий III в свою очередь отлучил Раймонда VI, разрешил его подданных от клятвы верности, наложил интердикт на его владения и предложил их первому, кто их займет. В то же время он умолял Филиппа Августа и других христианских государей идти против еретиков, которые, по его мнению, были «хуже сарацин». Итак, начался настоящий Крестовый поход. Он продолжался 20 лет, но недолго сохранял свой первоначальный характер. В нем можно различить три фазы: вначале преобладает религиозный интерес; война ведется исключительно против еретиков. Затем к религиозному интересу примешивается политический интерес, что подвергает риску полученные результаты. После Латеранского собора (1215) этот политический интерес становится преобладающим, и Крестовый поход превращается в династическую войну, которая в конце концов оказалась выгодной для Франции, но не принесла никакой пользы церкви. Рассмотрим вкратце эти три фазы войны.
Воззвание Иннокентия III было услышано: крест приняли многие рыцари Северной Франции — герцог Бургундский, графы Невера, Оксерра, Сен-Поля, Фореца и Женевы, граф Монфорский Симон, немецкие сеньоры и, что особенно замечательно, несколько сеньоров Южной Франции. Их сопровождало множество епископов и аббатов; главное управление Крестовым походом папа вручил своему легату, аббату Сито. Филипп Август, которого Иннокентий III пригласил стать во главе крестоносного войска, отказался; до конца своей жизни, несмотря на многократные увещания с разных сторон, он строго соблюдал нейтралитет. Впрочем, он позволял свободно проповедовать Крестовый поход, высшее командование которым было вручено Симону Монфору, одному из самых искусных полководцев своего времени. Испуганный этими приготовлениями, Раймонд VI последовательно обращался к папскому легату, который потребовал поручительств, к своему двоюродному брату Филиппу Августу, который отказался вмешаться в дело, и, наконец, к Иннокентию III. Последний благосклонно принял его оправдания, но настаивал на предоставлении поручительств, которых потребовал его легат. Раймонд вынужден был покориться: как кающийся, нагой, он подвергся бичеванию перед церковью Сен-Жилля в присутствии 20 архиепископов и епископов; он отдал ключи от своих замков, обязался поправить зло, которое он причинил церквам, и обещал наказать еретиков. На этих условиях он был прощен и сам принял крест (18 июня 1209 г.).
Но его вассал Раймонд Рожер, виконт Безьерский и Каркасонский, не выказал подобной покорности. Он отвечал на угрозы угрозами и приготовился сопротивляться. Против него Симон Монфор и направил свои усилия. В течение нескольких месяцев он отнял у него Безье, где произошла страшная резня, Каркасон и множество замков. После этого разгрома легаты предложили его разоренные владения герцогу Бургундскому и графу Неверскому, они, однако, не приняли их, а затем Симону Монфору, который оказался менее совестливым и принял их. Это была крупная ошибка со стороны легатов, потому что с этой минуты религиозный интерес перестает быть единственной движущей силой Крестового похода. С точки зрения туземного населения, Симон Монфор воевал ради своей личной выгоды; он был уже не только бойцом за веру, но и завоевателем. Отсюда двоякая перемена в ходе экспедиции: с одной стороны, французские рыцари, как только кончился срок их службы, покидают графа Монфорского, с другой — против него поднимаются сеньоры юга. В 1210 г. из 200 замков, которые он успел покорить, под его властью оставалось лишь 8; ему приходилось сызнова завоевывать свои виконтства.