Инквизиционный трибунал Венецианской республики состоял из отца инквизитора Джованни Габриелли, папского нунция Людовика Таберна и патриарха Венеции Лоренцо Приули. Председательствовал на нём сенатор Фускари — один из децемвиров, членов Совета десяти, верховного органа республики.
Заседания проходили во Дворце дожей. На первом допросе, 26 мая, перед высоким судилищем предстал «человек среднего роста, с каштановой окладистой бородой». За эти дни Мочениго написал один за другим три доноса на своего учителя, указав, «что много раз слышал от Джордано Бруно Ноланца, когда беседовал с ним в своём доме, что, когда католики говорят, будто хлеб пресуществляется в тело, то это — великая нелепость; что он — враг обедни, что ему не нравится никакая религия; что Христос был обманщиком и совершал обманы для совращения народа и поэтому легко мог предвидеть, что будет повешен; что он не видит различия лиц в божестве, и это означало бы несовершенство Бога; что мир вечен и существуют бесконечные миры, что Христос совершал мнимые чудеса и был магом, как и апостолы, и что у него самого хватило бы духа сделать то же самое и даже гораздо больше, чем они; что Христос умирал не по доброй воле и насколько мог старался избежать смерти; возмездия за грехи не существует; что души, сотворённые природой, переходят из одного живого существа в другое…
Он рассказывал о своём намерении стать основателем новой секты под названием „новая философия“. Он говорил, что дева не могла родить и что наша католическая вера преисполнена кощунствами против величия Божия; надо прекратить богословские препирательства и отнять доходы у монахов, ибо они позорят мир; что все они — ослы; что все наши мнения являются учением ослов; что у нас нет доказательств, имеет ли наша вера заслуги перед Богом; что для добродетельной жизни совершенно достаточно не делать другим того, чего не желаешь себе самому, что он удивляется, как Бог терпит столько ересей католиков».
Безусловно, здесь мы сталкиваемся не со словами и мнениями самого Бруно, а с их истолкованием, зачастую весьма вольным. Отвечая на предъявленные ему обвинения, Ноланец откровенно изложил свою философию:
«Существует бесконечная Вселенная, созданная бесконечным могуществом. Ибо я считаю недостойным благости и могущества божества мнение, будто оно, обладая способностью создать кроме этого мира другой и другие бесконечные миры, создало конечный мир.
Итак, я провозглашаю существование бесчисленных отдельных миров, подобно миру этой Земли. Вместе с Пифагором я считаю её светилом, подобным Луне, другим планетам, другим звёздам, число которых бесконечно. Все эти небесные тела составляют бесчисленные миры. Они образуют бесконечную Вселенную в бесконечном пространстве. <…>
Что же касается духа Божья в третьем лице, то я… толкую его как душу Вселенной или присутствующую во Вселенной, как сказано в премудрости Соломона: „Дух Господень наполнил круг земной и то, что объемлет всё“. Это согласуется с пифагорейским учением, объяснённым Вергилием в шестой песне „Энеиды“:
От этого духа, называемого жизнью Вселенной, происходит далее, согласно моей философии, жизнь и душа всякой вещи, которая имеет душу и жизнь, которая поэтому, как я полагаю, бессмертна, подобно тому, как бессмертны по своей субстанции все тела…».
К чести венецианских судей, следует сказать, что они сумели понять, с каким редким умом имеют дело. Согласно их отзыву о подследственном, «он совершил тягчайшие преступления в том, что касается ереси, но это один из самых выдающихся и редчайших гениев, каких только можно себе представить, и обладает необычными познаниями, и создал замечательное учение…»
Члены венецианского трибунала, по всей видимости, старались сохранить Бруно жизнь, для чего сосредоточили свои усилия на том, чтобы заставить его отречься не столько от научных и философских взглядов, сколько от тех положений, которые напрямую затрагивали учение Церкви. На последнем допросе, состоявшемся 30 июля, Бруно принял эти условия. Следуя установленному обряду покаяния, он упал перед судьями на колени и со слезами заявил: «Я смиренно умоляю Господа Бога и вас простить мне все заблуждения, в какие только я впадал; с готовностью я приму и исполню всё, что вы постановите и признаете полезным для спасения моей души. Если Господь и вы проявите ко мне милосердие и даруете мне жизнь, я обещаю исправиться и загладить всё дурное, содеянное мною раньше».