Огромное влияние на то, что эти рукописи в научном мире считались подлинными, оказала книга П. Шафарика и Ф. Палацкого «Славянские древности». В этой книге Краледворская и Зеленогорская рукописи были восприняты как подлинные произведения, свидетельствующие о древности чешской культуры, чешских законов и высоком уровне развития Чехии. Однако в конце 1850-х гг. в Чехии появилось несколько работ, которые начали подвергать их подлинность сомнению. Началось лингвистическое и палеографическое исследование рукописей. Это вызвало волну в прессе. Общественность клеймила тех, кто сомневался, обвиняя их в измене национальным интересам и симпатиях к немцам. Надо сказать, что для культуры эти рукописи имели большое значение, оказав влияние даже на оперное искусство. Как известно, у Б. Сметаны есть опера «Либуша», которая опирается на Зеленогорскую рукопись. Ганка, по-видимому, откликнулся на потребность героизации прошлого своего народа, противостояния немцам, немецкой культуре, немецкому засилью того времени. Он вложил в уста одному из своих героев фразу: «Не хвально нам в немцах правду искати», которая стала лозунгом чешского национального возрождения.
Ганке повезло — при жизни он пользовался почётом. Так и не было окончательно доказано, что рукописи поддельны, и он умер вполне удовлетворённый своими достижениями. Тем более что перед самой смертью ему удалось выиграть судебное дело, затеянное им против одной из газет, в которой было опубликовано несколько статей, доказывающих подложность рукописи. Некоторые из русских исследователей даже обвиняли тех, кто сомневался в подлинности, в том, что они своими нападками приблизили смерть Ганки.
Существовали в Чехии очень серьёзные учёные, лингвисты — в частности, Мартин Гаттала, который доказывал правильность и подлинность рукописей, используя другой источник — латинский словарь Mater Verborum, в который Ганка внёс чешские глоссы. Ганка тоже был человек очень серьёзный, он, изготавливая рукописи, уже в другой источник внёс некоторые изменения, которые подтверждали подлинность этих рукописей лингвистически.
Тем не менее лингвистическая наука развивалась, и, надо сказать, главную роль в научном доказательстве поддельности этих рукописей сыграли лингвисты. Одним из основных, кто доказал их подложность, в Чехии был профессор Ян Гебауэр, а в России очень важную роль в доказательстве поддельности рукописей сыграли работы В. И. Ламанского.
В. И. Ламанский — фигура очень интересная и в советское время, скажем так, не очень популярная. Но до революции его считали отцом, патриархом русского славяноведения. Он в конце 1870-х гг. выпустил статью под характерным названием «Новейшие памятники древнечешского языка». Это был как бы отклик на название книги Ф. Палацкого и П. Шафарика «Древнейшие памятники чешского языка». В своей статье, которая осталась незаконченной, но тем не менее была опубликована, Ламанский обвинил уже покойного Ганку в фальсификации. Он доказал, что Ганка внёс глоссы в словарь
Перед ним стояла огромная проблема, потому что Палацкий и Шафарик были учёными, внёсшими очень большой вклад в дело национального возрождения в Чехии. В частной переписке он объяснял их действия необходимостью противостоять немцам, он и сам допускал достаточно резкую критику немецкого засилья в это время. А в своей статье он самым резким образом осуждал их не только за научную, но и за этическую сторону. Критиковал, предполагая, что, возможно, они знали о подделке, но из патриотических соображений старались поддержать этот миф, столь необходимый для развития национального движения.
Считается, что работа Ламанского положила конец преклонению перед авторитетом чешских учёных, которое было у нас в то время, и подорвала веру в фальсификаты. Эта работа вышла в 1879 г., и Ламанский интересовался, как она отозвалась в Чехии. В частности, его ученик К. Я. Грот в 1882 г. был в Чехии и писал ему, что «профессор Гаттала готовит большую, кажется, защиту Краледворской рукописи, где полемизирует и с вами, но особенно с Ягичем». Дело в том, что за рубежом, особенно в Австро-Венгрии, основным серьёзным критиком стал крупнейший филолог и лингвист с мировым именем Ватрослав Ягич.