Нельзя забывать и об уголовном преследовании колдовства. По статье 109 обнародованного в 1532 году Уголовно-судебного уложения Карла V «Каролина» колдунов подвергали смертной казни только за причинение вреда или ущерба другим людям. Хотя статья 44 гласит, что «нарочитое общение» с колдунами являет «достаточный повод для применения допроса под пыткой», статья 21 в явной форме исключает применение доказательств, полученные путём колдовства или гадания. Несмотря на то что Фауста могли обвинить в занятии колдовством (он сам утверждал, что является некромантом), мы не располагаем свидетельствами причинённого им вреда. Информация о несчастном приоре докторе Дорстене, «побритом» далеко не самым удачным способом, или надоедливый полтергейст в Ликсхайме не находят подтверждения в исторических документах и не могут быть проверены. Лишь в конце XVI века колдовство стало считаться преступлением само по себе, вне зависимости от причинённого кому-либо вреда. Заглянув в уголовное законодательство курфюршества Саксония от 1572 года, мы обнаружим, что к преступлениям относили не только «вредную» магию, но и любые формы договоров с дьяволом. В 1582 году такая же формулировка появилась в уголовном законе Палатината. Несомненно, что подход, принятый в начале XVI века, когда колдовство считали лишь частично уголовным преступлением, объяснялся относительно небольшим количеством судебных процессов над ведьмами.
При жизни Фауста обвиняли в мошенничестве, а не в сговоре с дьяволом. Его объявляли содомитом (что было тяжким преступлением, каравшимся смертью), но не колдуном. Его осуждали за некромантию, но не за ересь (впрочем, Тритемий вплотную подошёл к этому). То, что Фауст не разделил судьбу несчастного Фладе, объяснялось сочетанием нескольких факторов. Он жил во времена, когда гонения на ведьм не получили большого размаха, а отношение к магии оставалось сравнительно терпимым; как учёный, Фауст обладал привилегированным положением, и его жизнь проходила вдали от сообществ, в среде которых обычно выдвигались обвинения в колдовстве. Само по себе бродяжничество не гарантировало безопасности (об этом свидетельствует огромное число нищих, осуждённых за колдовство), но в комбинации с образом жизни учёного это обстоятельство обеспечивало Фаусту иммунитет профессионала и определённую социальную дистанцию. Имеющиеся документы доказывают, что клиенты (епископ Бамбергский и фон Гуттен) прибегали к астрологическим способностям Фауста. Несмотря на все обвинения Тритемия, окружающие относились к Фаусту вполне серьёзно, что усиливало защитный эффект его профессионального статуса.
То, что Фауста не осудили за колдовство, является одним из главных вопросов, возникающих при изучении его жизни. В 1563 году Вир с раздражением писал, что Фауст и другие «чародеи с дурной репутацией» ушли от наказания в то время, как сотни старух были посланы на смерть. Даже в легендах более позднего времени Фаусту приходилось говорить, что он избежал наказания не по воле судьи, а лишь благодаря дьяволу.
Расплата
Никто точно не знает, когда, где и как умер Фауст. Обычно в справочниках и энциклопедиях указывают 1540 год, но это лишь приблизительная дата, полученная в результате округления до 10 лет. Возможно, так вышло потому, что 24 сентября 1541 года умер Парацельс. Судя по «народной книге» Баттуса издания 1592 года, Фауст скончался 23 октября 1538 года. Если на сей раз «народная книга» ошиблась, то ненамного. В 1539 году о Фаусте самым нелестным образом отозвались в Index Sanitatis (лат. «Указатель благоразумия») Филиппа Бегарди, причём текст сообщения не оставлял сомнений в том, что Фауст был уже мёртв.
Бегарди, вероятно, написал свой труд в 1538 году: хотя книга вышла в свет 20 августа 1539 года, в посвящении значится «8 января 1539»; таким образом, слова «несколько лет назад» могли быть указанием на то, что Фауст умер в середине или конце 1530-х годов. Информация Бегарди может оказаться неточной. Случалось, что известных людей «хоронили» при жизни, а слухи об их смерти могли циркулировать ещё некоторое время. Слова Бегарди о том, что Фауст много путешествовал и мог предсказывать будущее, соответствуют действительности. Похоже, Бегарди знал людей, лично встречавшихся с Фаустом. Проблема в том, что Бегарди не написал прямо, что Фауст уже умер.