Но предложения о пересмотре ряда параграфов устава от передовых членов продолжали поступать. Так, в мае 1902 г. Е. С. Федоров предлагал пересмотреть порядок выборов новых академиков. В феврале 1903 г. академик А. С. Фаминцын, поддерживая предложение Е. С. Федорова, еще более его расширил: он говорил о необходимости пересмотреть всю систему академических выборов. Эту же мысль развил в 1907 г. В. И. Вернадский. Он отмечал, что одни лица избираются в адъюнкты, другие — сразу в ординарные академики, причем при этом руководствуются не научными заслугами кандидатов, а случайными, вненаучными соображениями, и в качестве примера приводил обидное для достоинства великого русского ученого избрание Е. С. Федорова только в адъюнкты В. И. Вернадский предлагал установить единый, равный для всех порядок избрания в действительные члены Академий. Комиссия поддержала предложение об отмене устаревших степеней академических званий — адъюнкта и экстраординарного академика и в соответствии с этим рейшть вопрос об окладе академика [11]
. Благодаря работе комиссии эти и некоторые другие изменения в 1907—1912 гг. были внесены в устав 1836 г.Академия наук постоянно испытывала материальные затруднения, и в первом десятилетии XX в. наиболее активная часть академиков, к которой принадлежал и Ф. Н. Чернышев, не раз предпринимала попытки изменить штаты и бюджет Академии. 6 сентября 1908 г. на заседании исполнительной комиссии по выработке новых штатов Академии наук Ф. Н. Чернышевым был представлен проект записки о Геологическом музее. Комиссия утвердила этот проект и рассмотрела вопрос о создании Ломоносовского физико-химического института[12]
. Входившие в состав комиссии по выработке новых штатов академики А. П. Карпинский, П. В. Никитин, С. Ф. Ольденбург, В. В. Радлов и Ф. Н. Чернышев отмечали, что создание этого нового академического учреждения явится «достойным памятником великому русскому ученому» [13] в связи с 200- летним юбилеем со дня его рождения. В качестве базовых при создании Ломоносовского института рассматривались уже существовавшие академические учреждения — Химическая лаборатория, Физический кабинет и лаборатория Геологического музея, которые должны были дать начало трем основным направлениям исследований в новом институте — физическому, химическому и минералогическому.Идею Ломоносовского института ее инициаторы рассматривали в тесной связи с перспективами развития Академии наук: «Создание Ломоносовского института не только придаст жизнь старым академическим учреждениям, оно даст России новое орудие умственной работы, увеличит ее значение в общей культуре. Ломоносовский институт не должен являться учреждением, служащим только Академии наук: он должен дать место и возможность работы всем исследователям, которые пожелают научно работать в соответствующих областях знания. Он должен являться школой для более выдающихся, уже заявивших себя молодых ученых; он не должен вести преподавание, но должен дать им возможность войти в научную работу»[14]
.Однако в связи с бюрократизмом царской администрации осуществить принятое решение о строительстве института не удалось. После смерти Ф. Н. Чернышева идею создания Геологического музея в связи с постройкой Ломоносовского института последовательно проводил В. И. Вернадский. Но решить это большое дело удалось лишь после Октября.
На заседаниях бюджетной комиссии Академии наук осенью 1908 г. Ф. Н. Чернышев сделал доклад о принципах, примененных к определению содержания личного состава Геологического комитета, и на этой основе предложил определить нормы содержания для персонала Геологического музея, а также других учреждений Академии. Комиссия постановила ввести систематические пятилетние прибавки к содержанию персонала ученых учреждений и об отмене степеней в званиях действительных членов Академии наук. Опыт Ф. Н. Чернышева по организации и руководству Геологического комитета оказался: очень полезным при решении насущных задач организации исследований в Академии наук.
Весной 1912 г. после неоднократных обращений Академии наук в правительственные органы был утвержден новый бюджет Академии в сумме 1007 159 руб. и количество штатных единиц — 153. Главная часть расходов бюджета шла на оплату ученого персонала, на финансирование же научных предприятий оставалась довольно ничтожная сумма — 47 000 руб., что не могло кардинально решить вопрос дальнейшего развития академических исследований.