Невозможно перечислить многочисленные академические комиссии и предприятия, в которых участвовал Ф. Н. Чернышев. Упомянем лишь об его участии в подготовке большой экспедиции Академии наук для исследования Полярного Урала, снаряженной в 1909 г. па средства братьев Н. Г. и Г. Г. Кузнецовых по инициативе доктора М. Г. Мамуровского. Начальником этой комплексной экспедиции был назначен О. О. Баклунд, ученик и постоянный спутник Ф. Н. Чернышева по Шпицбергену [* О. О. Баклунд (Хельге) (1878—1958) известный геолог- петрограф, исследователь геологии Кольского полуострова, Карелии, Финляндии, Гренландии, Аргентины. Сотрудник Геологического музея Академии наук в Петербурге (1907— 1917), позднее профессор университетов в Турку (Финляндия) и в Упсала (Швеция), сын академика О. А. Баклунда,]. Был собран большой материал, поступивший в музей Академии наук,— геологический, зоологический, ботанический и этнографический. На обширных пространствах была проведена мензульная съемка, определены астрономические пункты, сделаны метеорологические наблюдения[15]
. Ф. Н. Чернышев много сделал для обеспечения успеха экспедиции, последующей обработки ее материалов и публикации трудов.Крупнейшим вкладом в деятельность Академии наук явилась реформаторская работа Ф. Н. Чернышева в Геологическом музее Академии.
Геологический музей вырос из Минерального кабинета Кунсткамеры, основанной Петром I в 1714 г. и перешедшей в ведение Академии наук в 1724 г. В 1745 т. М. В. Ломоносовым был закончен и напечатан на латинском языке первый минералогический каталог. В конце XVIII в. коллекции Минерального кабинета, руководимого выдающимся русским минералогом В. М. Севергиным, быстро пополнялись экспонатами, и к концу века их было уже свыше 20 000. В 1835—1836 гг. на базе отделов и кабинетов Кунсткамеры было создано семь самостоятельных музеев. Минеральный кабинет был преобразован в Минералогический музей, с 1837 г. его возглавил Г. П. Гельмерсен, много сделавший для развития научной работы в музее. В последующие годы музеем заведовали крупные ученые — К. И. Гревингк, А. Ф. Гебель, Н. И. Кокшаров. С середины XIX в. научно-исследовательская деятельность в музее значительно сократилась. Новый этап истории музея связан о Ф. Б. Шмидтом, который возглавлял его в 1873—1900 гг. Будучи крупным палеонтологом своего времени, Ф. Б. Шмидт придал музею новую направленность: он все более стал пополняться палеонтологическими и геологическими экспонатами, которые к концу века возобладали над минералогическими коллекциями, и в 1899 г. музей был переименован в Геологический.
К концу XIX в. в музее были накоплены огромные и ценнейшие коллекции, но из-за отсутствия помещения и научных работников он фактически превратился в склад материалов, недоступных для исследования, а в 1890 г. он вообще был закрыт. Ф. Б. Шмидт отобрал несколько ящиков коллекций и увез их к себе на квартиру, где по его приглашению и работали некоторые палеонтологи и геологи, в том числе приезжавшие из-за рубежа.
Ф. Н. Чернышев глубоко понимал необходимость развертывания музейного дела в области геологических наук. В своих многочисленных поездках за границу он всегда знакомился с природоведческими музеями многих стран, работал в них и поэтому мог сравнивать постановку музейного дела в России, странах Европы и Америки. Поэтому он начал активно помогать Ф. Б. Шмидту в хлопотах по разрешению проблем Геологического музея. В начале 1898 г., когда положение музея стало критическим, по инициативе Ф. Н. Чернышева была создана комиссия с участием Ф. Б. Шмидта, А. П. Карпинского, П. В. Еремеева, отметившая фактическое отсутствие в России систематического музея по геологии, вынуждавшее русских ученых работать в иностранных музеях, неотложность пополнения музея новыми коллекциями, в том числе путем обмена с иностранными музеями. В докладе комиссии определялись необходимые условия для развития музейного дела — увеличение бюджета, помещения и персонала[16]
. В ответ на ходатайство Академии наук министерство просвещения частично пошло навстречу просьбам ученых и 9 января 1899 г. утвердило новый штат, по которому музей получил одного консерватора, и увеличило бюджет с 1550 до 7500 руб. Это, конечно, не могло решить проблемы музея.4 октября 1900 г. Ф. Б. Шмидт передал Ф. Н. Чернышеву пост директора Геологического музея, и Ф. Н. стал энергично и последовательно претворять свою мечту о создании в России подлинного национального геологического и минералогического музея по типу западноевропейских и американских с широкими возможностями для исследовательской работы. Для этой цели он пригласил деятельных помощников: на должность хранителя музея был избран уже известный геолог И. П. Толмачев, а сверхштатным консерватором стал только что окончивший Петербургский университет В. И. Воробьев, которые с энтузиазмом принялись за работу.