9 августа 1939 года OKL (Oberkommando der Luftwaffe – Главное командование люфтваффе) выдало указание для Generalluftzeugmeister (Управление по вопросам снабжения люфтваффе), определяющее приоритеты выпуска самолетов определенных типов. В разделе, касающемся самолетов связи, упоминались машины трех типов: Focke-Wulf Fw-189 (в тот момент еще не существовало боевой модификации этого самолета), Messerschmitt Bf-108 «Taifun» и Fieseler Fi-156 «Storch». Последний самолет в документе определялся как «курьерский, связной и транспортный».
Последняя демонстрация «Шторьха» перед войной прошла в литовском Ковно. Германия представила здесь в основном планеры и аэростаты, и только четыре самолета, в том числе два «Шторьха», предоставленные Aero Club von Deutschland. Из Восточной Пруссии машины перегнали гражданские пилоты Фидлер и Крогмапн, причем второй был председателем Германского авиаклуба.
Операция «Weiss», осень 1939 года
Спустя всего одиннадцать дней после показа в Ковно началась война. В сентябре 1939 года «Шторьхи» активно использовались в ходе боевых действий в Польше. Численность самолетов этого типа в тот период с трудом поддается оценке. Кроме немногочисленных экземпляров серии А армия располагала 270 самолетами серии С-1. Универсальность «Шторьха» привела к тому, что самолету пришлось решать самый широкий круг задач. Самолеты данного типа находились в составе различных частей и соединений. Их применяли для перевозки курьеров и связных, а также для разведки. «Шторьх» был самолетом многоцелевым.
Утром 1 сентября 1939 года в предместьях Велюни пулей пробило топливный бак у «Шторьха», на котором летел командующий VIII авиационного корпуса генерал- лейтенант Фольфрам фон Рихтгофен. Несмотря на то, что бензин лился из бака, самолет дотянул до линии фронта. Спустя два дня жертвой польских зенитчиков пал другой «Шторьх» из штаба 3-й Армии (Armeeoberkommando 3). В тот же день немецкими войсками по ошибке был сбит еще один «Шторьх» из 1 ./Aufklaerungsgruppe (Н) 14.
Утром 9 сентября 1939 года с полевого аэродрома в Волбоже под Томашувом-Мазовецким вылетел Fi-156С из II./LG 2, пилотированный унтер-офицером Шигоррой. Пассажирское кресло занимал майор Вернер Шпильфогель, в задачу которою входило обнаружить в предместьях Варшавы подходящие цели для своего дивизиона «Хеншелей» Hs-123. Самолет шел со стороны Служевца через Мокотув и Охоту, где попал под прицельный огонь польской зенитной артиллерии и совершил вынужденную посадку на одной из варшавских улиц. Шпильфогель пытался вытащить из горящего самолета тяжело раненного Шигорру, но поляки открыли по самолету ураганный огонь, и оба немецких летчика погибли на месте.