Эти государственные притязания были и оставались односторонним изъявлением мирской власти. Никогда не были они признаны и скреплены церковным согласием и волей. Церковь видела в них «посещение Божие,» и отвечала на них внутренним собиранием, уходила во «внутреннюю пустыню.» «Церковь страдала и в прежние времена, страдает и теперь,» — писал в 1842 г. Филарет (Гумилевский), впоследствии архиепископ Черниговский. «Церковь в прежние времена, страдая, оставляла до времени тяготеть несправедливым волям, коль скоро они еще не нарушали основных правил Церкви. То же и теперь делает она. Как прежде, так и ныне, при случаях она дает чувствовать, что только по любви к кресту снисходит слабостям человеческим»… При молчаливом и страдальческом противлении Церкви осуществлялось в жизни притягаемое «государственное верховенство,» не сразу и с перебоями. Только с началом XIX века синодальная обер-прокуратура из органа государственного наблюдения и надзора при «синодальной команде» превращается в орган власти. Синодальное управление слагается в «ведомство греко-российского исповедания,» — «под главным начальством обер-прокурора.» И государственная власть не ограничивается областью церковного управления. Она вмешивается и во внутреннюю церковную жизнь, стремится и ее подчинить своим началам. Эти начала менялись. В эпоху Священного Союза это была идея «внутреннего христианства» [5]. В николаевские времена это было «истинное древнее вероучение» [6], определяемое мирскими силами по случайным образцам. Но смысл государственных притязаний всегда оставался одним и тем же. Это было государственное наступление и осада Церкви.
И на митрополита Филарета упала тень николаевского времени. Сам он совсем не был человеком этой суровой эпохи. Николаевские люди считали его чужим для себя и опасным. Недаром долгие годы был он под подозрением и даже под прямым надзором. Митрополит Филарет слишком внятно и твердо напоминал о церковной независимости и свободе, напоминал о пределах государства. И в этом резко и непримиримо расходился со своей эпохой, со всем государственным самоопределением новой, петербургской России. Филарет был очень молчалив и сдержан в слове. Напряженным и мужественным молчанием он едва покрывал и смирял свое беспокойство о происходившем. Сквозь суету и смуту событий он видел и угадывал грозящие знамения надлежащего и праведного прещения Божия. Наступили лукавые и судные дни — «кажется, уже и мы живем в предместьях Вавилона, если не в нем самом,» — опасался он… «Прискорбна душа моя, — признавался Филарет однажды. — Мне кажется, что суд, начинающийся от дома Божия, более и более открывается… Как густо идет дым из бездны и как высоко поднимается»… И только в покаянии видел он исход, во всеобщем покаянии «за многие, особенно за последние годы»…