С петровских времен пастырское действование Церкви было стеснено и сковано. Не только внешними преградами и ограничениями, но еще более внутренним обессиливанием духовенства. С петровских времен духовенство было мерами власти превращено в замкнутое сословие и оттеснено в социальные низы. При таких условиях творческое бессилие пастырей Церкви вполне понятно.
Филарет был вызван в Петербург для ученых целей, для преподавания в преобразованной Академии. Ему достался тяжкий и суровый искус, — «мне должно было преподавать, что не было мною преподано,» — вспоминал он впоследствии. За короткий срок, с 1810 по 1817 г., ему пришлось прочесть почти полный курс богословских наук в самом широком объеме со включением не только библейской экзегетики и истории, но и канонического права («богословие правительственное,» Theologia rectrix) и древностей церковных. Работать ему приходилось по первоисточникам, при слабом пособии инославной литературы. Плодом этой работы явились его знаменитые «Записки на книгу Бытия» (1816 г.) и «Начертание церковно-библейской истории» (1817). Устаревшие к нашему времени, обе книги знаменуют важный этап в становлении русской богословской науки. Филарету не удалось высказаться вполне, связно и систематически. Его богословское исповедание осталось незавершенным делом, — opus imperfectum. B лучшие и зрелые годы он мог богословствовать только по случаю, почти исключительно с церковного амвона, да еще в частных письмах. И тем не менее и по отрывкам сразу восстанавливается именно целостная система богословского созерцания, четко расчлененная по основным началам. Три основных идеи определяют богословское дело Филарета. И первое, это — пафос богословской свободы и творчества. Второе — переход в богословии на русский склад, прежде всего на русский язык; по тому времени это был трудный и важный шаг. И третье — богословствование по первоисточникам, прежде всего на библейском основании, и в духе древних отцов. Филарет был только начинателем, конечно, не совсем без предшественников. А последователями его явились, в сущности, все русские богословы прошлого века.
С особым ударением Филарет всегда подчеркивал совершенную