У Филарета была своя государственная теория, теория священного царства. И в ней не было и не могло быть места для начал государственного верховенства. Именно потому, что сущие власти от Бога учинены суть, и государи властвуют милостью Божией, Царство имеет характер всецело подчиненный и служебный. «Государство как государство не подчинено Церкви,» и потому служителям Церкви еще в апостольских правилах строго возбраняется «вдаваться в народные управления.» Не извне, но изнутри христианское государство должно быть связано Законом Божиим и церковным уставом. В представлении митрополита Филарета государство есть нравственный союз, «союз свободных нравственных существ,» и союз, обоснованный на взаимном служении и любви, — «некоторый участок во всеобщем владычестве Вседержителя, отделенный по наружности, но невидимой властью сопряженный с единством всецелого»… И в начале служения обоснование власти. В христианском государе Филарет видел Помазанника Божия, и перед знамением Божия благоволения благоговейно склонялся.
В Церкви есть свое собственное и неприкосновенное законодательство, сила и полномочия которого превышают всякую земную меру. «Иисус Христос не начертал для нее в слове Своем подробного и единообразного постановления, дабы царство Его не показалось сущим от мира сего»… У Церкви есть свой особый образ действия — в молитве, в служении таинств, в назидании и пастырском попечении. И для действительного воздействия на общественную жизнь, для ее действительного воцерковления, по мысли митрополита Филарета, совсем не нужно вмешательства иерархии в мирские дела, — «не столько нужно то, чтобы епископ заседал в правительственном собрании вельмож, сколько то, чтобы вельможи и благородные мужи чаще и усерднее вместе с епископом окружали алтарь Господень»… Со всею определенностью Митрополит Филарет всегда проводил твердую грань между государственным и церковными порядками. Конечно, он не требовал и не желал отделения Церкви от государства, ибо в действительности это было бы отделением государства от Церкви, его удалением от Церкви в произвол мирской суеты. Но вместе с тем всегда резко подчеркивал совершенную разнородность и особенность государства и Церкви. Церковь не может быть в государстве, и государство не должно быть в Церкви, — «единство и гармония» между ними должны осуществляться в единстве творческого осуществления заповедей Божиих.
Нетрудно понять, как далек и чужд был такой образ мыслей для государственных деятелей той эпохи, и каким детским казался он им. Филарет не верил в силу обличений и порицаний. Внешним формам жизни он не придавал большого значения, — «нужно не какое-либо преобразование, а выбор людей и надзор,» — говорил он. И прежде всего нужен внутренний творческий подъем, собирание и обновление духовных сил. Нужно усиление творческой активности, укрепление и усиление церковной и пастырской свободы. В противовес государственному наступлению Митрополит Филарет думал о восстановлении живого единства поместного епископата, осуществляемого в постоянном совещательном общении сопастырей и епископов и закрепляемом по временам малыми съездами и соборами, пока станет внутренне возможным и осуществимым и общий поместный собор. Митрополит Филарет всегда подчеркивал, что «мы живем в Церкви воинствующей»… И с горечью сознавался, что «количество погрешностей и неосторожностей, накопленных не одним уже веком, едва ли не превышает силы и средства исправления»… Филарет не был человеком борьбы, и тяготился «пребыванием в молве и попечениях града и дел человеческих.» Он жил ожиданием «того вечно безопасного града, из которого не нужно будет убегать ни в какую пустыню.» Ему хотелось удалиться, и вне мятежа дел молиться о милости и долготерпении Божием, о «защите свыше.»