Зимой смертельно заболел старший лучший друг Филарета — князь Сергей Михайлович Голицын, два месяца перед кончиной он сильно страдал от опухолей. Владыка навещал его часто, сидел рядом, беседовал, и этими беседами умел отвлечь страдальца от нестерпимых болей. 13 февраля 1859 года Сергея Михайловича похоронили. Душа его родилась в мир невидимый. Святитель Филарет проводил друга в последний путь и чувствовал себя сам так плохо, что не поехал в Петербург, где отмечался пятидесятилетний юбилей Духовной академии. Да и не любил он юбилеи!
«Я доволен, что не мог ехать. И мысль о юбилее для меня непривлекательна, — признавался он в письме Антонию. — У евреев юбилей был важный закон и в отношении Церкви, и в отношении к гражданскому порядку. Он освобождал впадших в рабство и возвращал заложенные земли. Папы в средние века ввели его в Римскую Церковь, чтобы получать доходы от посещающих Рим и от индульгенций. Почему и зачем юбилей пришел в Духовную академию? А пример одной Академии, вероятно, поведет тем же путем и другую».
Не ездить ему теперь в гости к любезному другу Сергею М и-хайловичу, не сиживать за чашкой чая у окон, из которых открывается вид на храм Христа Спасителя… Сколько лет уж все строится и строится это величественное сооружение, а не видно в обозримом будущем дня, когда можно будет совершить освящение собора. Он уж и не мечтал дожить до той радости. С внешней стороны храм был уже полностью готов. Со всех концов Первопрестольной издалека сияли его купола, отражались в плавном течении Москвы-реки, а внутри до сих пор не приступили как следует к отделке интерьера. Вроде бы уж и решили отказаться от отделки в стиле классицизма, вняли голосу деятелей Церкви, включая и Филарета, предпочли византийский стиль, но до сих пор не утвердили окончательно проект росписей. Филарет многие годы потратил на борьбу с первоначальным замыслом, по которому нижнюю часть интерьера предлагалось облицевать мрамором, а верхнюю расписать изображениями святых и сценами библейских событий. Это опять-таки была дань классицизму. Московский митрополит решительно противился этому. Еще в 1855 году он писал генерал-губернатору Закревскому: «Зритель, только поднимая голову, может видеть настенные изображения, но в таковом положении он долго быть не может. Стоя же в обыкновенном положении, он будет иметь перед глазами только мрамор. Православный, обыкновенно взирая на икону, полагает на себя крестное знамение и молится, но если вместо икон перед глазами его будет только мрамор, то он будет в необычном и неприятном положении. Кроме настенных священных изображений, кроме царских, северных и южных дверей, видны места только для двух икон Спасителя и Божьей Матери близ царских врат. Не видно даже места для храмовой иконы Рождества Христова. Такая скудость икон неудовлетворительна для столь огромного храма. Не только приличным, но и нужным признано быть может, чтобы в мраморе, особенно на восточной стороне по местам, устроены были рамы и в них поставлены были иконы на такой высоте, чтобы удобно доступны были взору предстоящих…»
Мысль о том, чтобы в будущем главном храме Москвы поставить не обычный иконостас, а Кувуклию, родилась у Филарета еще когда только-только отгремела гроза 1812 года, только-только заговорили о создании такого храма. Кувуклия — часовня Гроба Господня в Иерусалимском храме Воскресения, в ней находятся смертное ложе Спасителя и придел Ангела. Идея создания иконостаса в виде часовни сближала Москву с Иерусалимом. И Филарет еще в 1813 году высказал ее обер-прокурору Голицыну Тогда же он написал родителям в Коломну о том, что открыл Александру Николаевичу «свои мысли о несовершенстве иконостасов по новейшему образу строения, которые, будучи малы и скудны, противоречат мысли величия, которую должен бы подавать алтарь. Но как здесь не вижу я ни одного иконостаса, в котором бы с огромностию была соединена правильность и красота, соответствующие вкусу нынешнего времени, и который мог бы объяснить и оправдать мою мысль, то желал бы иметь рисунок иконостаса Коломенского собора». Он имел в виду храм Вознесения Господня в Коломне.
С конца XVIII века вошло в моду рассматривать иконостас как архитектурное сооружение, и икона, главное, ради чего ставится иконостас, стала из него вытесняться в угоду архитектурным деталям. Филарет решительно боролся с этим, по его указу был уничтожен один из иконостасов Баженова, в котором иконе вообще почти не оставалось места. Вот что он имел в виду, говоря о «несовершенстве иконостасов по новейшему образу строения». Филаретовский замысел создания иконостаса-часовни, Кувуклии, нашел множество сторонников, и когда началось устроение интерьера в храме Христа Спасителя, иные проекты, кажется, и не рассматривались. Так в главном московском соборе появилось сие уникальное сооружение, по высоте превосходящее на три с половиной метра Успенский собор Кремля. Воистину — храм в храме! И это придумал он — Филарет.