Он же выполнил работу по выбору сюжетов для росписей центральной части собора, с которой должна была начаться отделка всего интерьера.
Автор фундаментальной книги «Храм Христа Спасителя в Москве» Евгения Ивановна Кириченко называет Филарета одним из «идейных творцов программы храма Христа Спасителя». Говоря по-русски, Московский Златоуст — крестный отец этого величественного памятника, воспитатель его проектировщиков и строителей, архитекторов и художников. Каков этот храм, таков и внутренний храм души Филарета. Владыка Филарет из глубин своей души вдохнул душу и в облик, и в интерьер храма.
Другим духовным детищем Филарета стал собор Владимирской иконы Божьей Матери в Спасо-Бородинском монастыре. Он также внимательно следил за его строительством и давал указания, что и как делать. Увы, ни пастырь, ни Маргарита не присутствовали на освящении храма. Душа игуменьи Марии уже отлетела ко Господу, вкусив изрядно земных страданий, а Филарет, как ни мечтал совершить освящение собора, не смог этого сделать, поскольку все лето и осень 1859 года сильно болел, о чем постоянно жалобно оповещал своего духовника Антония в письмах. Болели зубы, глаза, уши, суставы, пальцы рук и ног, постоянно мучила жажда и сухость во рту. Врач духовной семинарии Владимир Иванович Рахманов ежедневно навещал владыку, и тот отзывался о нем с огромным теплом. Можно было перенести освящение церкви на Бородинском поле до выздоровления, но, видно, владыка чувствовал себя очень плохо: «До весны отлагать освящение Спасо-Бородинской церкви какая польза? Разве могу сказать: отложу я умирать до весны?» В итоге он послал викария Леонида (Краснопевкова), и 5 сентября тот совершил освящение собора.
А вот во встрече с государем, несмотря на болезнь, московский митрополит не мог себе отказать. 22 августа 1859 года на Москве происходило знаменательное событие — открытие музея «Дом бояр Романовых». По преданию, в этом доме в Зарядье родился основатель династии Романовых — царь Михаил Федорович. С середины XIX века все более возрастал интерес русских людей к старине, к древней архитектуре, появилось само понимание, что необходимо сохранять и реставрировать древние памятники архитектуры. Император Александр Николаевич выкупил у Знаменского монастыря постройки, некогда принадлежавшие роду Романовых, а под руководством придворного архитектора Федора Федоровича Рихтера они были основательно восстановлены и превращены в один из первых московских музеев. Полностью утраченный верхний деревянный этаж достроили в виде теремка с высокой крышей, восстановили крыльцо, в комнатах поставили богатые изразцовые печи, настелили паркет, стены обили дорогой парчой с царскими вензелями. В комнатах разместили серебряную и расписанную эмалями посуду, шитье, женские украшения, сундуки, старинную мебель, стены украсили прекрасными росписями.
Открытие этого музея Московский Златоуст использовал для того, чтобы лишний раз возвестить своей пастве о необходимости помнить и хранить славу русской истории:
— Вот скромный древний дом, который может считать своими потомками великолепные дворцы, и это потому, что в нем обитали благочестие, правда, любовь к Отечеству. Вот невысокие храмины, из которых вышли высокие души. Романовы доблестно действовали для Отечества, великодушно страдали для Отечества, и всеправедный Отец, из Него же всяко отечество на небесех и на земли именуется, судьбами Своими устроил то, что род Романовых привился к древнему роду царей и произвел Отцов Отечества. Сии воспоминания встречать будет каждый сын России, при воззрении на Романовский Дом, и сердце его скажет ему: честь и слава царю, чтущему доблестных предков! Научимся от него и мы чтить и хранить древнюю доблесть, которую может украсить, но не заменить новый блеск.
К зиме болезнь только усилилась. Вероятно, святитель мог не дожить до своего очередного дня рождения, но миновал кризис, болезнь отступила, а весной, как он сам выразился, «инстинктуальное желание» подсказало ему есть кислые капустные щи; Рахманов разрешил, но без употребления самой капусты, и случилось чудо: «Щи из кислой капусты оказались для меня действительным лекарством». Вернулись вкусовые ощущения, полностью утраченные во время болезни, вернулись силы.
Болезни не позволяли ему только покидать жилье, но работал он по-прежнему много, переписку вел обширнейшую, ежедневно по нескольку длиннейших писем, с подробными ответами на все вопросы, считал нужным высказать свое мнение о политических и церковных событиях, продолжал следить за тем, как переводится Священное Писание, спорил по этому поводу с Муравьевым. Находил силы в самый разгар болезни писать Андрею Николаевичу пространный ответ на вопрос о том, как понимать молитву о соединении Церквей, доказывая, что православные обязаны мечтать о дне, когда католики придут к ним и станут тоже православными: «Не стесняйте же христианской любви Православной Церкви, не утверждайте, что она не молится о соединении Римской Церкви».