Учрежденный 3 января 1857 года десятый по счету Комитет по крестьянскому делу через полгода представил первый официальный проект реформы. 20 ноября 1857 года император издал и разослал всем губернаторам рескрипт, в котором изложил правительственную программу. Предусматривалось уничтожение личной зависимости крестьян при сохранении всей земли в собственности помещиков, предоставление крестьянам определенного количества земли, за которую они обязаны будут платить оброк или отбывать барщину, и со временем — права выкупа крестьянских усадеб, состоящих из жилого дома и хозяйственных построек. Юридическая зависимость уничтожалась не сразу, а только по истечении переходного двенадцатилетнего периода. В 1858 году для подготовки крестьянских реформ были образованы губернские комитеты, в них развернулась борьба за меры и формы уступок между либеральными и реакционными помещиками. Вместо негласного комитета создан был Главный комитет по крестьянскому делу. Он выработал новую программу, утвержденную императором 21 апреля 1858 года и предусматривавшую не упразднение крепостной зависимости, а лишь ее смягчение. Но 4 декабря 1858 года была принята другая программа Крестьянской реформы, выработанная генерал-адъютантом Яковом Ивановичем Ростовцевым и предполагавшая получение крестьянами личной свободы, обеспечение крестьян наделами земли в постоянное пользование с правом выкупа по предоставленным правительством кредитам, утверждение переходного «срочнообязанного» состояния.
После смерти Ростовцева в 1860 году бразды правления при подготовке реформы взял в свои руки граф Виктор Никитич Панин. Образованнейший человек, он слыл консерватором и крепостником и действительно, возглавив редакционные комиссии по проведению реформы, добился уменьшения наделов и увеличения повинностей будущих освобожденных крестьян.
В октябре 1860 года готовый проект реформы рассматривался в Главном комитете по крестьянскому делу. Один из его списков попал на стол митрополиту Филарету. Ознакомившись с ним, он высказал свои замечания. В частности, в письме преподобному Антонию от 4 декабря 1860 года он писал, что ему не нравится мысль о том, чтобы прежде объявления правил об освобождении крестьян с ними были ознакомлены священники «для приготовления прихожан к пониманию оных», он жалуется на многосложность представленного проекта, опасается, что большинство священников не поймут многого и станут худо растолковывать прихожанам суть реформы. «Например, в правилах положено дать крестьянам
Окончательная разработка манифеста об отмене крепостного права была возложена на Самарина и Милютина. Юрий Федорович Самарин, один из талантливейших представителей славянофильства, ученик Хомякова, доказывавший, что в православии сливаются отсутствующее в католицизме единство свободы и отсутствующее в протестантизме единство общности, при этом высоко ценил достижения западной цивилизации и мог найти золотую середину, в частности, и в крестьянском вопросе. Его сверстник Николай Алексеевич Милютин являлся также и его единомышленником. Так что выбор этих двух деятелей реформы в качестве создателей манифеста был сделан царем правильно.
Новый, 1861 год владыка Филарет снова встречал на одре болезни. «Простуженная рука мешает писать, тогда как это всего нужнее». А на него тем временем свалилась работа высочайшей государственной важности — прислали написанный Самариным и Милютиным манифест с требованием отредактировать его по своему усмотрению. Император оказывал владыке полное доверие и намеревался опубликовать сей документ только после его редактуры. Панин сопроводил текст манифеста собственным письмом, в коем с благоговением обращался к святителю Филарету: «Государь полагается совершенно на высокий дар красноречия вашего высокопреосвященства и на ревностное усердие ваше к делу, столь важному для Отечества, столь близкому к сердцу первого пастыря нашей Церкви. Руководимый сими чувствами и сим доверием, государь представляет вашему высокопреосвященству сделать все те изменения или прибавления, кои бы вы признали соответствующими чувствам его величества и собственно вашим, для лучшего успеха в достижении положенной цели».