Близился закат его жизни. Он уже редко сам читал свои проповеди, чаще посылал кого-либо, кто прочитал бы написанное им. Самое время уйти бы на покой, поселиться в Гефсиманском скиту и в уединении и покое ждать непостыдной и мирной кончины живота своего. Но сил еще хватало на очень многое, и он оставался при своих делах, по-прежнему много переписывался, вникал во все дела, был в курсе всех внешнеполитических и внутренних событий, много, очень много читал, видел, как все хуже и хуже печатаемое в России: «Если хотя за один год взять все худое из светских журналов и соединить, то будет такой смрад, против которого трудно найти довольно ладана, чтобы заглушить оный. Надобно по частям взять нездравое и предлагать врачевство. Говорю о сем собратиям, но язык нововводителей скорее движется, нежели язык охранителей». Реакционностью Филарета и таких, как он, еще держалось здание миропорядка, человеколюбия, целомудренности, чести и величия России. Он уповал на цензуру, что она еще какое-то время будет сдерживать поток безумства, бесчиния и беспорядка, который с каждым годом становился все сильнее. «В Отечестве нашем, — писал митрополит Филарет обер-прокурору Толстому, — существует цензура, — учреждение, в котором есть доброта, какой нет в неограниченной свободе книгопечатания. При отсутствии цензуры вредная книга издается и производит вред в обществе; потом ее сочинитель и издатель страдают от суда. При разумной и благонамеренной цензуре вредная книга не допускается до издания и, следовательно, не допускается до общества вред, а сочинитель безопасен от суда и наказания».
Цензура была введена в России с распространением книгопечатания еще в 1720 году Петром I. В XIX веке существовало входившее в Министерство народного просвещения Главное управление цензуры. Александр II, продолжая свои реформы, упразднил его, передав функции цензуры в Министерство внутренних дел.
Новшеств при Александре II было много. Какие-то огорчали Филарета, другие — радовали. Не могла не тревожить идея передачи сельских школ из ведомства духовной власти в ведомство власти светской, проводимая новым министром просвещения Александром Васильевичем Головниным, сыном знаменитого флотоводца. А вот сокращение церковной службы за счет перечисления всего царствующего дома он одобрил. Это, собственно говоря, была и его идея, ее он высказывал предыдущим государям. «В древних изданиях греческих в великой ектений сказано только: о
Ослабление государственных строгостей давало и добрые плоды, и худые. Всюду безбожники поднимали голову. В Петербурге толпа молодых озорников ввалилась в церковь, выкрала священный сосуд для причастия и распивала из него шампанское. Образовалось общество «Земля и воля», поставившее себе целью все неудачи, которые потерпит Крестьянская реформа, использовать для пропаганды революции. В Москве, у самых стен Кремля, революционеры навзрыд кричали о страданиях народа и о том, что церковники жиреют, указывали на обилие золота в храмах, призывали не ходить в церковь, а если и ходить, то чтобы бить попов и забирать себе церковные драгоценности. Тревожась о будущем России и Церкви, митрополит Филарет узнавал о все новых и новых случаях подобных умопомрачений.
В феврале 1862 года граф Александр Петрович Толстой ушел с поста обер-прокурора Святейшего синода. Новым руководителем Русской православной церкви стал сорокапятилетний Алексей Петрович Ахматов. По его просьбе Филарет написал подробнейшую записку о состоянии церковной собственности в настоящий момент. Новый обер-прокурор в большей степени являлся единомышленником Филарета, в том числе и в отношении переводов Библии, и владыка писал о нем, что он «подает благую надежду, что будет пещися о благе Церкви в ее соприкосновении с государством».
В конце мая 1862 года в Петербурге случился один из самых страшных пожаров за историю города. Огонь пожирал один квартал за другим. Десятки тысяч пострадавших, небывалый ущерб. Святитель Филарет организовал сбор средств от Московской епархии в пользу погорельцев. Было собрано более десяти тысяч рублей, и за это он получил благодарность от царицы.