Внимательнейшим образом до конца жизни святитель Филарет следил за всеми историческими событиями, современником коих ему довелось быть. В январе 1863 года снова вспыхнуло восстание в Польше. Филарет в Москве жадно изучал все поступавшие новости: «Горьки, если верны, польские вести». Поводов к возмущению не было. Начало очередного рекрутского набора и массовое уклонение от него поляков стали не поводом, а сигналом к восстанию, которое подготавливалось уже давно, и на протяжении нескольких лет русские получали письма с угрозами, срывались вывески на русском языке, чудовищно осквернялись православные кладбища, а главное, тайно готовилась программа вооруженных действий. Причина оставалась все та же — нежелание большинства поляков жить в составе Российской империи при нежелании русского правительства дать независимость стране, где продолжали мечтать о возврате русских земель, некогда принадлежавших Речи Посполитой.
Встал вопрос о поддержке политики России в Польше со стороны духовенства. Неожиданно Филарет выступил против таких официальных заявлений, ссылаясь на то, что даже в тех странах, где Церковь более сближена с государством, и то не делается ничего подобного. «Трудно слову церковному вступить в политическую сферу, не соступя с поприща духовного, — писал Филарет Антонию в самый разгар Польского восстания. — Но, вступивши на сей путь однажды, окажется некоторая необходимость продолжить идти по нем, и могут даже повлечь, куда неудобно следовать. В войну 1806 или 1807 годов Св. Синод, думая сильно поддержать правительство, назвал Наполеона антихристом; а потом с антихристом заключили мир. Адрес Св. Синода был бы выступ из ряда, потому что и Государственный Совет и Сенат не пишут адресов». Однако в личной переписке Филарет полностью поддержал императора в польском вопросе. А 8 августа 1863 года, встречая Александра II у входа в Успенский собор Кремля, Филарет обратился к нему с речью, которую любой либерал и сторонник Польши имеет полное право назвать самодержавно-реакционной, а то и милитаристской:
— Благочестивейший государь! Пред лицем Бога мира (Евр. XIII. 20) тебя приветствуя, по долгу и по сердцу, призываем свыше мир твоему духу, озабоченному царственными попечениями, твоему дому и твоему царству. Но Бог мира именует Себя также Богом воинств и Богом народа, усвоенного ему верою. Мир твоего народа нарушен нестроениями, происходящими на одном из пределов твоего великого царства, в малом народе, который уже не однажды был осужден за его нестроения, который существует в качестве царства только по милости твоих предшественников и который за твои умноженные к нему милости воздает неблагодарностью, мятежом, крамолами. И, что всего неожиданнее, из некоторых стран, даже несопредельных нам, слышится голос, будто для их спокойствия это гнездо беспокойств надобно укрепить и расширить. Оскорблена твоя правда и благость! Оскорблено достоинство России! Любовь к Отечеству, верность престолу могут ли при сем быть равнодушны? И потому дух сынов России воздвигается и отовсюду взывает к тебе, представляя готовность всего народа на защиту правды. Дух сынов веры воздвигается и взывает к Богу православной России, к Богу правды, да изведет, яко свет, правду твою и России, и судьбу твою с нею…
Польское восстание продолжалось более года, к маю 1864 года оно было подавлено. Вопреки ожиданиям руководителей мятежа ни одно европейское государство не поддержало их. В итоге Польша лишилась главных атрибутов автономии, строгости были наведены такие, каких не было и при Николае I. Началась русификация, в людных местах запрещалось говорить по-польски, шляхта не имела права устраивать сборища даже по поводу семейных праздников. Тысячи причастных к восстанию поляков были сосланы в Сибирь, где появились целые польские поселения. Из таких семей переселенцев выйдут Дмитрий Шостакович и Александр Грин.
Зато польское крестьянство, которое в своей основной массе не поддержало мятежников, получило гораздо больше прав в соответствии с продолжавшейся реформой, нежели крестьянство на всей остальной территории Российской империи.