Горестно наблюдал святитель Филарет продолжающееся падение нравов в русском обществе, распространение «безверной и безнравственной литературы», выплеснувшейся на читательские прилавки после цензурного ослабления, взывал к Синоду и государю принять охранительные меры. Но у царя, как и у нынешних наших правителей, не хватало времени следить еще и за литературой. После Крестьянской начиналась грандиозная Военная реформа, Россия должна была встать на один уровень военной развитости с другими государствами Европы.
1865 год принес горе в царскую семью. 12 апреля в Ницце от воспаления спинного мозга скончался наследник цесаревич Николай Александрович. Филарет счел своим долгом отправить скорбящему родителю утешительное письмо: «Для чего из благолепного сада внезапно унесено младое древо, тщательно взращенное, уже готовое к плодоношению, обещавшее вожделенные плоды? Для чего невидимая рука угасила светлые надежды, которые должны были обеспечивать продолжение света для будущего России? Неужели не услышаны молитвы благочестивейших родителей о своем первенце, молитвы верного народа?
Не дадут на сие собственного ответа ни испытующая мысль, ни оставленное самому себе чувство скорби.
Успокоительное разрешение сих дум да ищется лучше в священном слове истины: Кто познал ум Господень? Как непостижимы судьбы Его и неисследимы пути Его (Рим. XI, 33, 34). Но при сей непостижимости, несомненно известно, что все пути Господни — милость и истина к хранящим завет Его (Пс. XXIV, 10).
Посему несомненно, что верен Господь и в услышании молитвы. Он услышал ее, принял и исполнил, только не по мысли родительской и отечественной любви, которая желала удержать благоверного царевича для трудных в трудные времена подвигов земного царства, но исполнила по разумению Своего Божественного ума, который предзрел, как лучшее, то, чтобы скоро призвать его в Царство Небесное. Премудрость и любовь Господня присутствовали при сем решении».
Неведомо, каким был бы государем старший сын Александра II, зато ведомо, что в лице Александра III, ставшего императором в результате смерти своего брата, Россия обрела великого государя, подлинного хозяина, подарившего ей тринадцать с половиной лет счастья, мира, процветания, могущества и спокойствия.
Но в те дни все искренне оплакивали безвременно угасшего наследника престола, чистого, порядочного, красивого юношу, доброго христианина, коего митрополит Филарет видел в будущем истинно православным царем.
Летом того года святитель сам был почти при смерти. Он приехал в лавру, там сильно заболел и прожил, находясь на одре болезни, с июня до середины октября в Гефсиманском скиту, который и строился-то им для того, чтобы проводить здесь тихие и мирные дни своего заката. Впервые он не встречал августейшую семью во дни очередного визита в Москву, а лишь послал свое приветствие в письменном виде: «…по милости Божией, мне еще оставлено утешение — из глубины пустыни простирать к Тебе слово благоговейного сочувствия и из глубины сердца вознести ко Вседержителю молебный глас»… Зато теперь государь приехал к нему в лавру, посетил Гефсиманский скит, получил архиерейское благословение в обители преподобного Сергия. А в день осеннего празднования памяти Александра Невского из Гефсиманского скита Филарет писал государю: «В имени святого Александра заключается воспоминание благоверного князя, который пред лицом неверного властителя, при угрозе смерти не поколебался исповедать свою веру, который мудростью отражал от православия покушения не православных, который Невскою победою из дали веков предуказал твою Невскую столицу». «Сии воспоминания займут внимание соименного тебе, твоего благоверного наследника: и к ним благознаменательно присоединится имя Александра II, Освободителя». С легкой руки Московского Златоуста прозвище «Освободитель» навеки прикрепится к имени императора Александра Николаевича.
Осенью, выздоровев, святитель вернулся в Москву, причем впервые не ругал железную дорогу, а весьма хвалил, восторгался спокойствием движения поезда и признал правильным, что «не решился на путешествие по земляной дороге»: «Я не мог бы так долго переносить тягостного ощущения, в котором начал путь, и не имел бы средств облегчить оное. Напротив того, в подвижном доме железной дороги я отложил теплую одежду, встал и в сем положении оставался почти во всю дорогу, постепенно чувствуя облегчение».
Наступили последние годы; солнце земной жизни святителя Филарета уже коснулось горизонта и стало тихо погружаться за окоем, даруя миру последние прекрасные лучи, теплые и ласковые.
И в этих живительных лучах появились на свет два младенца, коим в грядущем XX столетии суждено будет стать двумя первыми патриархами возрожденного русского патриаршества — 19 января 1865 года в окрестностях Торопца родился Василий Иванович Белавин, а в самый год кончины Филарета 11 января 1867 года в Арзамасе родился Иван Николаевич Страгородский. Первый в 1917 году станет патриархом Тихоном, а второй в 1943 году — патриархом Сергием.