Со дня опубликования манифеста прошло почти три месяца. За это время случилось лишь одно сильное волнение — в селе Бездна Казанской губернии. Там молодой грамотный крестьянин Антон Петров вдруг решил сделаться главой восстания и заявил, будто он читал подлинный текст царского манифеста, в котором говорится о полной и безграничной воле крестьян и об их праве не выполнять никаких распоряжений помещиков. Он утверждал, что помещики и чиновники скрыли от народа подлинный текст манифеста, заменив его собственным. Крестьяне стали требовать оглашения «настоящей воли», возмутились, и бунт, охвативший несколько уездов Казанской губернии, пришлось подавлять силой, и в итоге девяносто человек были убиты и умерли от ран, более трех с половиной сотен ранены. В числе погибших оказался и сам Антон Петров. Герцен в Лондоне зазвонил в свой «Колокол»: «О, если б слова мои могли дойти до тебя, труженик и страдалец земли русской!., как я научил бы тебя презирать твоих духовных пастырей, поставленных над тобой петербургским синодом и немецким царем… Ты ненавидишь помещика, ненавидишь подьячего, боишься их — и совершенно прав; но веришь еще в царя и архиерея… не верь им. Царь с ними, и они его. Его ты видишь теперь, ты, отец убитого юноши в Бездне, ты, сын убитого отца в Пензе… Твои пастыри — темные как ты, бедные как ты… Таков был пострадавший за тебя в Казани иной Антоний (не епископ Антоний, а Антон безднинский)… Тела твоих святителей не сделают сорока восьми чудес, молитва к ним не вылечит от зубной боли; но живая память об них может совершить одно чудо — твое освобождение». Все русские либералы пророчествовали о новой пугачевщине, ждали и призывали ее, но «всероссийского бунта» не произошло, и теперь можно было спокойнее говорить о пользе проводимой реформы и менее опасаться потрясений.
21 мая 1861 года митрополиту Филарету всемилостивейше пожалована была золотая медаль, установленная за труды по крестьянскому делу. На аверсе этой награды изображен профиль Александра II, над ним надпись «Благодарю», под ним число «19 февраля 1861 года», на реверсе надпись «За труды по освобождению крестьян». Носилась она на Александровской ленте, золотых медалей было отчеканено две с половиной сотни, серебряных — полторы тысячи, но награжденных было меньше, чем медалей. А 6 июня император пожаловал владыке наперсный крест, украшенный драгоценными камнями, тем самым еще более подчеркнув заслуги московского митрополита в подготовке крестьянских преобразований.
К лету святитель Филарет уже гораздо меньше заботился о проводимых в стране реформах. С июля он много внимания уделял предстоящему прославлению святителя Тихона Задонского, изучал многие материалы, подготовленные к его канонизации, редактировал присланное ему житие святителя и службу, сократил один из двух тропарей. 13 августа произошло прославление святителя Тихона. Филарета приглашали, но он снова болел и не в состоянии был никуда ехать из Москвы. Митрополит Новгородский и Петербургский Исидор (Никольский) присутствовал при этом событии и, приехав в Москву, подробно рассказал Филарету, о чем тот в свою очередь писал Антонию: «Утешительно было сказание владыки об открытии мощей святителя Тихона. Когда на всенощной пред величанием открыли раку, в переполненной народом церкви сделалась такая тишина благоговения, что летящую муху можно было бы слышать. Много было исцелений. — Да помолится святитель об исцелении России». И в другом письме: «Он сказывал, что были получившие зрение, даже слепые от рождения, и получившие слово. Одного скорченного так, что ноги приведены были к затылку, когда приложили к святым мощам, он распрямился и стал на ноги».
Новый петербургский архиерей Исидор, ровесник Пушкина, был на семнадцать лет моложе Филарета и весьма почитал его, во всем стараясь быть подобным Московскому Златоусту. Господь воздал за это — Исидор прожил долгую и счастливую жизнь, скончался в возрасте девяноста двух лет и возглавлял петербургскую кафедру тридцать два года.
Лето 1861 года вновь было засушливым и необычно жарким, и митрополит Московский неожиданно открыл для себя напиток, приносивший ему и прибавление сил, и утоление жажды, — пиво. Он даже написал об этом своему духовнику и получил от Антония благословение. «Благодарю и за пиво, хотя это и стыдно, — написал Филарет в лавру. — Мне приходило на мысль попросить у Вас немного, потому что оно мне казалось по вкусу и по требованию природы; но посовестился прибавлять еще прихоть ко многим моим прихотям. Теперь буду употреблять, как полученное с благословением».